1 июня в село Красное под Москвой прибыл атаман Корела с казаками. При нем находился посланец Лжедмитрия Гаврила Пушкин. Появление казаков послужило толчком к давно назревавшему бунту. Красносельцы двинулись в столицу, где к ним присоединились москвичи. Толпа смела стражу, проникла в Китай-город и заполнила Красную площадь. Годуновы выслали против толпы стрельцов, но они оказались бессильны справиться с народом. С Лобного места Гаврила Пушкин прочитал «прелестные грамоты» самозванца с обещанием многих милостей всему столичному населению — от бояр до «черных людей».
Годуновы могли засесть в Кремле «в осаде», что не раз спасало Бориса. Но их противники позаботились о том, чтобы крепостные ворота не были заперты. Вышедшие к народу бояре одни открыто, а другие под рукой агитировали против Федора Борисовича. Бывший опекун Дмитрия, Богдан Бельский, использовал момент, чтобы свести давние счеты с Годуновыми. Народ ворвался в Кремль и принялся громить дворы Годуновых. Мятеж дал выход недовольству низов. Посадские люди разнесли дворы многих состоятельных людей и торговцев, нажившихся на голоде.
Водворившись в Кремле, Богдан Бельский пытался править именем Дмитрия. Но самозванцу он казался слишком опасной фигурой. Свергнутая царица была сестрой Вольского, и Отрепьев не мог поручить ему казнь борисовой семьи. Бельский вынужден был уступить место боярину Василию Голицыну, присланному в Москву самозванцем.
Лжедмитрий медлил и откладывал въезд в Москву до той поры, пока не убрал все препятствия со своего пути. Его посланцы арестовали патриарха Иова и с позором сослали его в монастырь. Иова устранили не только за преданность Годуновым. Отрепьева страшило другое. В бытность дьяконом самозванец служил патриарху и был хорошо ему известен. После низложения Иова князь Василий Голицын со стрельцами явился на подворье к Годуновым и велел задушить царевича Федора Борисовича и его мать. Бояре не оставили в покое и прах Бориса. Они извлекли его труп из Архангельского собора и закопали вместе с останками жены и сына в ограде женского Варсунофьева монастыря.
Боярская дума заключила соглашение с самозванцем. Ему пришлось распустить отряды казаков и наемных солдат, которые привели его в Кремль. Лишь после этого дума короновала мнимого сына Грозного царской короной. Отрепьев не решился внести какие бы то ни было перемены в сложный и громоздкий механизм управления государством. По-прежнему высшим органом в государстве оставалась Боярская дума. В ее составе заседали как старые бояре Федора Ивановича и царя Бориса, так и «новодельные господа», получившие чины от самозванца.
Опасаясь происков князей Шуйских, фактически руководивших Боярской думой, Лжедмитрий устроил судилище над ними. Боярин Василий Шуйский был приговорен к смертной казни и помилован лишь в последний момент. Вместе с братьями его отправили в ссылку, но пробыл он там недолго.
Назвавшись сыном Грозного, Отрепьев невольно воскресил тень опричнины. Ближние люди царя принадлежали в основном к хорошо известным опричным фамилиям (Басманов, Нагие, Хворостинин, Молчанов и др.). Но время опричных кровопролитий миновало, и Отрепьев достаточно четко улавливал настроения народа, уставшего от гражданской войны. В Москве много говорили, что Шуйский был обязан помилованием ходатайству польских советников Бучинских и вдовствующей царицы Марфы Нагой. На самом деле Марфа вернулась в Москву через много дней после отмены казни. Что касается польских советников, то они как люди просвещенные не одобряли кровопролития. Но одновременно они выступали за твердую политику в отношении боярства.
Курс на общее примирение подвергся подлинному испытанию через несколько месяцев после коронации, когда Боярская дума, вдова-царица и духовенство обратились к самодержцу с ходатайством о прощении Шуйских. Обращение вызвало бурные дебаты в «верхних комнатах», где царь совещался обычно с ближними советниками. На этот раз не только бывшие опричники, но и польские секретари возражали против новых послаблений в пользу бояр. Однако Отрепьев интуитивно понял, что не удержит корону на голове, если будет следовать тираническим методам управления мнимого отца. Самозванец предпочел забыть о людях, казненных им во время похода на Москву. Все это отошло в прошлое. На троне Отрепьев вынужден был вести себя иначе, чем в повстанческом лагере.
Возвращение Шуйских в Москву явилось символом окончательного примирения между «законным государем» и знатью.
Лжедмитрий старался снискать в народе славу строгого и справедливого государя. Он объявил о том, что намерен водворить в государстве правопорядок и справедливость, запретил взятки в приказах. Приказных, изобличенных в лихоимстве и мошенничестве, публично били палками.