Между тем протопоп Алексей пред своею смертию успел «своим волхованием» склонить государя, чтобы на митрополитскую кафедру избран был не кто другой, а именно симоновский архимандрит Зосима, которого действительно и избрали и поставили митрополитом. Нет сомнения, что ни государь, ни святители не знали еще о еретичестве Зосимы, да и Геннадий ничего не подозревал, потому и прислал свою повольную грамоту на поставление его. Новый митрополит немедленно потребовал от Геннадия исповедания веры, как бы сомневаясь в его православии.
В своем послании к Зосиме (октябрь 1490 г.) Геннадий, кратко изложив весь ход дела о жидовствующих и на чем оно остановилось, умолял первосвятителя рассмотреть это дело на Соборе. Не удовольствовавшись посланием к митрополиту, Геннадий написал еще к Собору владык, находившихся тогда в Москве, именно: к Тихону, архиепископу Ростовскому, и епископам — Нифонту Суздальскому, Вассиану Тверскому, Прохору Сарскому и Филофею Пермскому.
Подробно рассказывал о чернеце Захарии, жаловался на него и просил себе обороны от него. Наконец настоятельно требовал, чтобы составился Собор на еретиков, чтобы их предать проклятию, казнить, жечь, вешать, так как они, дав в Новгороде покаяние и приняв епитимию, изменили клятве, бежали в Москву и снова сделались еретиками. «Да не штошите, — прибавлял Геннадий, — станьте крепко, чтобы гнев на нас не пришел, да некако человекоугодници обрящемся и со Иудою Христа продающе: они иконы щепляют, режут, Христу поругаются, а мы их учреждаем да их воле сходим…»
Геннадия и в этот раз не позвали в Москву, но Собор на еретиков состоялся, и состоялся не более как через двадцать дней после возведения Зосимы на митрополитский престол, именно 17 октября 1490 г. На Соборе кроме самого великого князя присутствовали с митрополитом те же самые святители, которые участвовали в его избрании и поставлении. Еретиков обвиняли пред лицом Собора в том, что они старались погубить православное христианство; отвергали Божество Иисуса Христа, Его Воплощение от Пресвятой Девы и Воскресение; ругались святым иконам, совершали литургию по принятии пищи и пития, считали Тело и Кровь Христовы в таинстве Евхаристии простым хлебом и вином, держались больше Ветхого закона и праздновали Пасху по-иудейски; в среды и пятки ели мясо и молоко, и творили многие другие еретические дела, и многих простых людей прельстили своими ересями. Обвиняемые ни в чем не хотели сознаться пред великим князем, митрополитом и всем Собором, упорно запирались в своих ересях и были как бы в исступлении ума.
Но благоверный государь Иоанн Васильевич, а с ним митрополит, и прочие святители, и весь Собор, обыскав по подлинникам архиепископа Геннадия и по московским свидетельствам ереси означенных еретиков, предали их проклятию, низвергли всех из сана и осудили на заточение. Таким образом, настоящий Собор поступил с жидовствующими снисходительнее, нежели первый на них Собор, бывший при митрополите Геронтии, и далеко не так строго, как желал Геннадий. Некоторых из осужденных еретиков великий князь велел отослать в Новгород к Геннадию. Геннадий же приказал посадить их еще за сорок поприщ до Новгорода на коней, каждого лицом к хвосту, и в одежде, перевернутой передом назад, надеть на головы их берестовые остроконечные шлемы, в каких изображаются бесы, с мочальными кистями, с венцами из соломы и сена и с надписью на шлемах: «Се есть сатанино воинство». В таком виде осужденные водимы были по городу, и встречающиеся плевали на них и говорили: «Се враги Божий и хульники христианские». Наконец шлемы на их головах были сожжены. Это сделал архиепископ, чтобы устрашить еретиков и предохранить православных.