В дни первосвятительства Варлаамова происходили последние вспышки ереси жидовствующих. Ее держались тайно еще многие, особенно между вельможами, которые, по выражению одного почти современного писателя, обратились тогда из страха от ереси к православию только лицом, а не сердцем.
Главным покровителем этих мнимо покаявшихся еретиков был старец-князь Вассиан, который, прибыв еще в 1503 г. из своей пустыни в Москву, поселился в Симоновом монастыре. Он вошел в особенную доверенность государя и сделался таким временщиком, что его боялись некоторые даже более, нежели самого Василия Иоанновича. Вассиан не упускал случаев действовать в пользу покровительствуемой им партии, враждебной православному духовенству и монашеству, и продолжал борьбу с преподобным Иосифом Волоцким.
Однажды ученики последнего, Дионисий, князь звенигородский, да Нил Полев, жившие в Белозерской пустыни, донесли ему, что нашли следы ереси жидовствующих у двух белозерских пустынников, и прислали к нему священника, бывшего свидетелем события. Иосиф препроводил присланную грамоту и священника к Ростовскому архиепископу Вассиану, своему брату, в епархии которого состояли белозерские монастыри и пустыни.
Вассиан, находившийся тогда в Москве, представил грамоту великому князю, а великий князь показал ее старцу-князю Вассиану Косому и спросил его: «Хорошо ли делают твои пустынники?» Вассиан отвечал, что все донесение ложно, и когда присланный священник подтвердил справедливость грамоты, то Вассиан просил дозволения отдать его на пытку. Священника пытали, изломали ему ногу, и он умер, но от своих слов не отказался. Великий князь прогневался на старцев Дионисия и Нила, писавших грамоту (хотя следовало бы прогневаться не на них, а на старца-князя Вассиана за такую пытку), и сказал: «Сами между собою бранятся, а меня в грех ввели». И велел сжечь пустыни старцев Дионисия и Нила, а самих отдать под начало в Кириллов монастырь. Вассиан Косой, без сомнения, торжествовал с своею партиею, а Иосиф должен был перенести скорбь со своими учениками.
Но, видно, Вассиан не довольствовался одними хульными словами против Иосифа и святителей, не пощадивших на Соборе ереси жидовствующих; вероятно, еретики, пользуясь покровительством этого сильного временщика, начали смело поднимать свои головы и угрожать опасностию православию, потому что Иосиф в 1511–1512 гг. нашелся вынужденным снова со слезами умолять великого князя Василия Иоановича от лица всей своей обители и писал к нему:
«Ради Бога и Пречистой Богородицы, попекись и промысли о Божественных церквах и православной вере и об нас, нищих твоих и убогих…
Как прежде, боговенчанный владыко, ты поревновал благочестивому царю Константину и вместе с отцом своим до конца низложил скверных новгородских еретиков и отступников, так и теперь, если ты, государь, не позаботишься и не подвигнешься, чтобы подавить их темное еретическое учение, то придется погибнуть от него всему православному христианству… Как в первом обыску все ты, государь, обыскал и управил, так и ныне подобает тебе попещися: ты всем глава, покажи ревность твоего благочестия… Отец твой по проклятии еретиков Захарии чернеца и Дионисия попа велел заключить их в темницу, и они там скончались и не прельстили никого из православных.
А которые начали каяться и отец твой покаянию их поверил, те много зла сотворили и многих христиан увлекли в жидовство. Так, невозможно никому той беды утолить, кроме тебя, государя и самодержца всей Русской земли».
Убеждения святого старца и в этот раз подействовали на Василия Иоанновича: он «повелел всех еретиков побросать в темницу и держать там неисходно до конца их жизни». Но преподобный Иосиф вскоре скончался (9 сентября 1515 г.), а по смерти его жидовствующие снова приободрились. Дошло до того, что явился, как было при начале этой ереси, какой-то «жидовин-волхв, чародей и прелестник» по имени Исаак, который обольщал и увлекал православных.