Генрих IV хотел, чтобы у его отпрысков было такое же детство, как у него самого - вдали от шумного Парижа, в сельской местности. И выбрал местом их проживания поместье Сен-Жермен-ан-Ле, где когда-то воспитывались последние Валуа, всего в двадцати километрах от Лувра. Именно там поселилась Елизавета со своим братом Людовиком, который был старше её всего на год. Позже к ним присоединились и их младшие братья и сёстры: Кристина, Николя, Гастон и Генриетта Мария.
Король обычно навещал своих детей по воскресеньям, когда бывал в Париже. Он разрешал им называть себя «папой» и с удовольствием возился с ними. Известен эпизод, когда испанский посол застал его за игрой в лошадки: Генрих IV ползал на четвереньках, катая на своей спине двух малышей. А в июне 1605 года, когда он был прикован к постели из-за приступа подагры, то попросил, чтобы к нему привезли Елизавету с братом. Особенно король любил своего наследника, названного в честь Людовика Святого, основателя дома Бурбонов, хотя и не упускал случая «поучить его розгами», если ребёнок проявлял излишнюю «самоуверенность».
В отличие от мужа, Мария Медичи терпеть не могла эти «воскресные» посещения Сен-Жермена. Возможно, потому, что ещё в 1604 году её муж принял удивительное решение: отныне его законные дети будут воспитываться вместе с его бастардами. Таким образом, в Сен-Жермен переселились ещё его трое детей от Габриэль д’Эстре: Сезар, Екатерина Генриетта и Александр Вандомы; двое от Генриетты д’Антраг: Гастон Анри и Габриэль Анжелика де Верней; и ещё один ребёнок от Жаклин де Бёй: Антуан де Море.
Однако вернёмся к супруге короля. Дочь Великого герцога Тосканы, Мария Медичи провела свою молодость во Флоренции и получила типичное итальянское образование: неплохо рисовала, любила танцы, театр, придворные развлечения, прекрасно разбиралась в драгоценных камнях, занималась ботаникой, химией и арифметикой. При этом была благочестива, но лишена сентиментальности и не испытывала любви к своим детям, кроме, пожалуй, младшего сына Гастона.
Мать королевским детям заменила их воспитательница Франсуаза де Лонгжу, которая вышла замуж за Роберта де Арле, барона де Монгла. Этот бывший товарищ Генриха по оружию принадлежал к семье, члены которой с пятнадцатого века из поколения в поколение служили королям Франции, и сменил своего старшего брата на посту первого королевского дворецкого.
Дети Генриха IV были очень привязаны к своей гувернантке и называли её «Маманга». Если им случалось разлучаться со своей воспитательницей, они забрасывали её письмами. Сохранилось послание семилетней Елизаветы, в котором принцесса спрашивала Мамангу, когда ей позволят надеть её самое «красивое платье» и шляпку. А Людовик продолжал писать баронессе де Монгла и после того, как вышел из-под её опеки. Даже став взрослым, он во время осады города Монтобана не забыл черкнуть ей несколько строк:
-Мама, я надеюсь, что Вам понравятся эти две строчки… потому что они дают Вам уверенность в том, что Вы всегда будете пользоваться моей доброй милостью…
До самой своей смерти в 1633 году Маманга будет получать весточки от своих воспитанников, в том числе, из Испании, Италии и Англии.
Одна из целей воспитания королевских детей состояла в том, чтобы, став взрослыми, они сохранили между собой тёплые отношения. Им также настоятельно рекомендовалось писать друг другу, когда они находились в разлуке. Таким образом, сохранилось множество их писем.
Наиболее близкие отношения у Елизаветы сложились с Людовиком. Принцесса терпеливо выслушивала все жалобы брата и, как могла, утешала его. Очень рано у них вошло в привычку дарить рубашки друг другу. Поэтому дофина очень беспокоило то, что его сестра должна будет выйти замуж. Так, его личный врач Эроар в своём дневнике рассказывает, что в апреле 1605 года, когда во Франции заговорили о возможном браке старшей дочери короля с принцем Уэльским или испанским инфантом, Людовик заплакал:
-Я не хочу, чтобы сестра уезжала!
Елизавету крестили 14 ноября 1606 года в Овальном дворе замка Фонтенбло вместе со старшим братом и сестрой Кристиной. Крёстным отцом принцессы должен был стать король Англии Яков I Стюарт, но он не смог прислать своего представителя на церемонию из-за разногласий с папой римским. А крёстную мать Елизаветы на церемонии крещения представляла Диана Ангулемская, внебрачная дочь короля Франции Генриха II Валуа.