Эта сильная женщина с проницательными добрыми глазами произвела глубокое впечатление на короля, который совсем пал духом. В долгой беседе, которую он имел с ней, она говорила о деспотичном правлении Оливареса и убеждала короля доверять только Богу и самому себе, работать и молиться. Филипп уехал из Агреды обновлённым и просил, чтобы аббатиса писала ему, когда захочет, и непрестанно возносила за него молитвы всей своей святой душой. С тех пор, пока смерть не разорвала их духовную связь, сердце короля было полностью открыто со всеми его печалями, слабостями и грехами только для сестры Марии.
В конце июля 1643 года Филипп въехал в Сарагоссу, к радости арагонцев, уже без толпы распутных дворян и придворных. Теперь необходимо было быстро выступить против французов, которые уже были в сердце Арагона, и новый командующий, Фелипе де Сильва, который при Оливаресе был отправлен в тюрьму, вскоре изменил ход событий. 4 октября 1643 года, через пять недель после своего прибытия в Сарагосу, Филипп IV написал монахине из Агреды:
-…С того дня, как я встретился с Вами, я почувствовал себя очень воодушевлённым Вашим обещанием молиться Богу за меня и об успехе моего королевства; ибо искренняя забота о моём благополучии, которую я тогда увидел в Вас, придала мне большую уверенность… Как я уже говорил Вам, я покинул Мадрид, не имея никаких человеческих ресурсов и полагаясь только на помощь Бога, которая является единственным способом получить то, чего мы желаем. Наш Господь уже начал действовать в мою пользу, наш флот освободил Оран, когда мы меньше всего этого ожидали; благодаря чему я смог, хотя и с бесконечными трудностями и опозданиями из-за нехватки денег, расположить свои силы здесь так, что мы, я надеюсь, начнём работу с ними на этой неделе…
Оран, испанская крепость на африканском побережье, была осаждена маврами с суши и моря, как говорили, по приказу нового короля Португалии. Но герцог Аркос, губернатор Валенсии, сумел прорвать блокаду с помощью двух английских кораблей, гружённых провизией, и, таким образом, эта крепость была освобождена.
В то время как Филипп, впервые за двадцать лет мужественно преодолев свою лень, противостоял своим врагам в Арагоне, Изабелла, как регент Кастилии, напрягала все силы, чтобы собрать деньги, и осенью 1643 года в различных провинциях была набрана армия в 16 000 человек и отправлена к королю. Королева также приложила руку к авгиевым конюшням Мадрида. Наказание теперь следовало за преступлением незамедлительно, безнравственность преследовалась более серьёзно, чем раньше, и самые крупные публичные дома были закрыты.
Несмотря на опалу своего мужа, графиня Оливарес продолжала руководить двором королевы. Только с помощью герцогини Мантуанской Изабелле всё-таки удалось удалить её. Однажды, когда Инес де Суньига захотела, как обычно, сесть в карету рядом с королевой, Маргарита Савойская встала и сказала:
-Вам здесь не место! А если Вы не уйдёте, я выйду из кареты!
Изабелла успокоила герцогиню, но несколько дней спустя её карету окружила толпа с криком:
-Да здравствует королева! Долой герцогиню Оливарес!
Вслед за тем от вице-короля Арагона поступил приказ, что Инес должна последовать за своим мужем. Энрике Фелипе де Гусман также был уволен и вынужден был присоединиться к своему отцу.
Последнее регентство Изабеллы получило хорошие отзывы, и король воздал ей должное за её усилия по обеспечению войск жизненно важными припасами, а также за её переговоры с банками о финансировании армии, когда королева предложила в качестве залога свои оставшиеся драгоценности. Ходили слухи, что она даже намеревалась последовать примеру королевы Изабеллы Кастильской и повести свою собственную армию на захват Бадахоса.
-У меня сейчас одна фаворитка – это моя жена, - писал Филипп монахине из Агреды.
Хотя он полностью и не отказался от связей на стороне, но прекратил все любовные романы во дворце, чтобы не унижать жену. Сама Изабелла, хотя и не пылала к нему страстью, возможно, из-за слишком раннего замужества, но была всегда верна ему. Единственным предметом разногласий между королём и королевой теперь было только соперничество двух инфантов. Молодой Бальтазар Карлос был умён, красив и обладал врождённым благородством, как мать. В 1644 году после долгих переговоров было достигнуто соглашение о том, что принц Астурийский возьмёт в жёны свою кузину Марианну Австрийскую, дочь императора Фердинанда III и его первой жены Марии Анны Испанской.