Теперь спокойствие Германии вторично было в руках Фердинанда, и от него одного зависело превратить мир с Данией в мир всеобщий. Из всех областей Германии неслись к нему вопли несчастных, умолявших его положить конец их терзаниям. Неистовства его солдат, корыстолюбие его полководцев перешли все границы. Наводнённая опустошительными бандами Мансфельда и Христиана Брауншвейгского и страшными отрядами Тилли и Валленштейна, Германия, окровавленная, истощённая и опустошённая, молила о покое. Могуче было стремление к миру у всех имперских чинов, могуче было оно у самого императора, который, втянувшись в Верхней Италии в войну с Францией, был обессилен нескончаемой войной в Германии и страшился счетов, по которым ему предстояло платить. Но, к несчастью, условия, на которых обе религиозные партии соглашались вложить меч в ножны, были прямо противоположны. Католики хотели окончить войну с выгодой для себя; протестанты тоже не хотели остаться в накладе; император, вместо того чтобы с мудрой умеренностью согласовать требования обеих партий, стал на сторону одной из них — и в результате Германия снова была ввергнута в ужасы губительной войны.
Сразу после подавления чешского восстания Фердинанд занялся искоренением реформации в своих наследственных землях; однако из уважения к некоторым евангелическим князьям мероприятия эти проводились здесь с умеренностью. Но победы полководцев императора в Нижней Германии придали ему смелости, и он отбросил всякое стеснение. В соответствии с этим всем протестантам в его наследственных владениях было предложено отказаться или от их веры, или от отечества — страшный, бесчеловечный выбор, вызвавший неописуемое возмущение среди австрийских крестьян. В пфальцских владениях тотчас по изгнании Фридриха V реформатское богослужение было воспрещено, и преподаватели, наставлявшие в этом вероучении, были изгнаны из Гейдельбергского университета.
Эти новшества были лишь предвестием других, ещё более значительных. На собрании курфюрстов в Мюльгаузене католики потребовали от императора, чтоб он возвратил католической церкви все перешедшие со времени Аугсбургского религиозного мира к протестантам архиепископства, епископства, самостоятельные и подчинённые аббатства и монастыри и таким образом вознаградил католических владетелей за все потери и притеснения, которые они претерпели в войне. Это указание, данное столь строго католическому государю, как Фердинанд, не могло остаться безрезультатным; но император находил пока несвоевременным возмущать всю протестантскую Германию столь решительным шагом. Не было ни одного протестантского князя, для которого отобрание церковных владений не означало бы потери части его земель. Там, где доходы с них шли не целиком на мирские цели, они обращались в пользу протестантской церкви. Многие князья черпали значительную долю своих богатств и своей мощи из этих источников. Всех без исключения должно было до крайности ожесточить отнятие церковных имуществ. Религиозный мир не лишил их права на них, хотя и не признал его бесспорным. Но долгое, у многих почти вековое обладание ими, молчание четырёх сменивших друг друга императоров, закон справедливости, дававший им равное с католиками право на пожертвования их предков, — всё это они могли уверенно приводить в обоснование своих прав. Кроме реального ущерба, который неизбежно нанесло бы их могуществу и юрисдикции возвращение церковных владений, кроме необозримой смуты, какая должна была явиться следствием его, немалой невыгодой было для них и то, что вновь назначенные католические епископы, очевидно, должны были усилить католическую партию в имперском сейме таким же количеством новых голосов. Столь чувствительные потери, угрожавшие протестантской партии, давали императору повод ожидать самого упорного сопротивления с её стороны, и он не хотел раньше времени, прежде чем пламя войны в Германии не будет погашено без остатка, возбуждать против себя целую партию, столь опасную в своём единстве и имевшую могущественную опору в лице курфюрста Саксонского. Поэтому он произвёл предварительно опыт в малом масштабе, чтобы испытать, как эта мера будет принята в большом. Несколько имперских городов в Верхней Германии и герцог Вюртембергский получили приказ передать католикам захваченные ими церковные владения.