Могущественный мотив — секуляризация церковных имуществ, побудивший столь многих протестантских государей склониться к принятию учения Лютера, остался и после заключения мира в той же силе, что и раньше, и все такие имущества, ещё не попавшие в их руки, должны были вскоре перейти к ним. Вся Нижняя Германия была секуляризована с чрезвычайной быстротой, и если в Верхней Германии дело обстояло иначе, то лишь вследствие живейшего сопротивления католиков, которые здесь имели перевес. Каждая партия угнетала или притесняла сторонников другой там, где она была сильнее. Особенно настойчиво теснили церковных владетелей, как слабейших членов империи, их некатолические соседи, жаждавшие расширить свои владения. Кто был слишком слаб, чтобы противопоставить насилию насилие, тот искал защиты под сенью закона, и жалобы на протестантских чинов накоплялись в имперском суде, который с готовностью выносил решения, осуждавшие виновную сторону, но не располагал достаточной поддержкой, чтобы вводить их в силу. Аугсбургский мир, предоставивший чинам империи полную свободу совести, до некоторой степени всё же позаботился также и о подданном, выговорив ему право беспрепятственно покидать страну, где его религия подвергалась преследованиям. Но от насилий, которым подвергался ненавистный подданный со стороны своего государя; от невыразимых мучений, какими затруднялось его переселение; от искусно расставленных тенёт, какими хитрость в союзе с силой может опутать умы людей, — от всего этого мёртвая буква договора не могла охранить никого. Католический подданный протестантских государей громко жаловался на нарушения религиозного мира; евангелический ещё громче жаловался на притеснения, какие он терпел от своих католических владык. Ожесточение и озлобление богословов разжигали души и обостряли всякую мелочь, как бы ни была она ничтожна сама по себе; хорошо ещё, когда эта богословская ярость изливалась на общего религиозного врага, не обрызгивая ядом своего собственного единоверца.
Для того чтобы удержать обе враждующие партии в равновесии и таким образом продлить мир, было бы в конце концов достаточно единства протестантов между собой, но в довершение общей смуты вскоре исчезло и это единство. Учение, распространённое Цвингли в Цюрихе и Кальвином в Женеве, вскоре стало укореняться и в Германии и сеять раздоры между протестантами, так что теперь они едва ли могли распознавать друг друга по чему-либо, кроме общей ненависти к папству. Протестанты этого времени уже не были похожи на тех, которые полвека тому назад изложили своё исповедание в Аугсбурге, и причиной перемены является именно это аугсбургское исповедание. Оно поставило протестантской религии твёрдые границы, прежде чем пробудившийся дух исследования мог примириться с этими границами, и протестанты по неведению потеряли часть преимуществ, которые им обеспечивало отпадение от папства. Одинаковых жалоб на римскую иерархию и на злоупотребления в римской церкви, одинакового отрицания католических доктрин было бы достаточно, чтоб объединить протестантскую церковь. Но они искали этого объединительного начала в новой положительной религиозной системе, в ней видели отличительные признаки, преимущества и сущность своей церкви и лишь к ней относили договор, заключённый с католиками. Религиозный мир они заключили лишь в качестве приверженцев определённого вероучения: одни только приверженцы этого вероучения могли пользоваться благами этого мира. Таким образом, каков бы ни был исход для кальвинистов, дело обстояло одинаково печально. Требование строго придерживаться аугсбургского исповедания надолго ограничивало дух исследования; несогласие в толковании установленной формулы означало гибель объединяющего начала. К несчастью, произошло ж то и другое, и печальные последствия того и другого не замедлили обнаружиться. Одна сторона крепко держалась первого (аугсбургского) исповедания, и если кальвинисты отступали от него, то лишь для того, чтобы таким же образом замкнуться в новом вероучении.