Население Вены, которое сначала говорило о приближающихся шведах с пренебрежением, как о кучке мародеров, пришло в смятение. Жители массами бежали из города, и магистрат объявил о запрещении эвакуации для мужчин от 16 до 60 лет. Наспех созданное городское ополчение вместе с добровольческими отрядами молодежи вступило в бой с авангардными частями шведов. Торстенсон, наткнувшись на такое сопротивление, решил не задерживать себя затяжными боями на опустошенной местности и стал отходить в Моравию.
Собственно австрийские земли пострадали от войны гораздо меньше, чем другие части Империи. Металлургическая промышленность, работавшая на войну, процветала, а общая численность населения не только не сократилась, а даже несколько выросла. Однако после Янковской битвы эти земли оставались все время открытыми для неприятеля, любое колебание военного счастья Приводило его к стенам столицы Империи. Фердинанд III почувствовал, что затягивать мирные переговоры опасно.
В Моравии шведам не везло. Чтобы стать хозяевами Моравии, они должны были овладеть ее столицей Брно. Город, правда, не был готов к обороне. Его укрепления были не закончены, боеприпасов не хватало, численность гарнизона не достигала нормы. Сначала никто из офицеров императора не брался руководить обороной Брно. Тогда за дело взялся бывший шведский офицер Людовик де Суш. Бедный французский дворянин-гугенот из-под Ла Рошели, де Суш, не надеясь на карьеру при дворе французского короля, отправился искать счастья по свету. По-видимому, он решил, что у шведов, среди множества блестящих генералов, новичку труднее выдвинуться, чем среди вечно битых имперских полководцев. Во всяком случае, де Суш успел к 1645 г. уже зарекомендовать себя в боях против шведов и принял участие в Янковской битве.
Назначенный комендантом Брно, де Суш 26 марта заверил императора, что не капитулирует ни при каких обстоятельствах (надо иметь в виду, что шведы и не дали бы пощады перебежчику). Мобилизовав жителей, де Суш закончил сооружение городских укреплений прежде, чем появился шведский авангард. Еще через день, 4 мая, подошел сам Торстенсон с главными силами. В приказе войскам он поставил задачу: овладеть городом в течение трех дней, цитаделью - в течение восьми дней.
Де Суш резко отверг предложение сдаться, и шведы приступили к осадным работам. В штурмах и вылазках, в закладке мин и контрмин прошло не восемь дней, а четыре месяца. Осаждающим с каждой неделей становилось труднее добывать продовольствие и топливо в разоренных окрестностях Брно. Лето выпало на редкость холодное и дождливое. Солдаты, не имевшие подчас возможности обсушиться и поесть горячей пищи, жестоко страдали и заболевали. Осень обещала принести новые невзгоды.
Трансильванский союзник французов и шведов князь Ракоци, тревоживший Габсбургов с востока, получил этим летом грозное распоряжение турецкого султана оставить германского императора в покое. Венгерские войска стали покидать шведские позиции под Брно. 15 августа Торстенсон предпринял генеральный штурм и, потерпев снова неудачу, снял через пять дней осаду. Император тем временем произвел новый набор в свою армию, и в течение осени и зимы 1645-1646 гг. большая часть территории Чехии и Моравии снова перешла в его руки. Лишь в нескольких укрепленных пунктах Моравии остались шведские гарнизоны. Торстенсон отступил через Чехию на северо-запад, а в декабре 1645 г. усилившееся недомогание заставило его отказаться от командования. На его место был назначен Карл Густав Врангель.
В Вестфалии же не спешили. Назначенный на 25 марта 1642 г. мирный конгресс был отсрочен, и участники мирных переговоров стали съезжаться в Мюнстер и Оснабрюк только в начале 1643 г.
Целые месяцы ушли на обсуждение вопросов, имевших, казалось, весьма отдаленное отношение к условиям мирного договора: кто и в каком порядке будет выступать на конгрессе, какие почести приличествуют той или иной делегации и т. п. Оживленную дискуссию вызывали, например, такие вопросы: называть ли французского представителя герцога Лонгвиля высочеством, а представителей курфюрстов - превосходительствами. Затем начались долгие споры по поводу полномочий делегатов. Французы, несмотря на первоначальные возражения со стороны имперской делегации, настояли на том, чтобы на конгресс были допущены представители немецких князей и городов. Тем самым признавалась их самостоятельность и, в известной мере, равноправие по отношению к великим державам и даже к главе Империи.