Торстенсен не удовольствовался этими успехами своего оружия. В то время как один из его помощников, Аксель Лилиенстерн, тревожил Саксонию, а Кенигсмарк овладел Бременом, сам он во главе шестнадцатитысячной армии вторгся с восемьюдесятью орудиями в Чехию, стараясь опять перенести войну в наследственные владения Австрийского дома. Узнав об этом, Фердинанд сам поспешил в Прагу, чтобы личным присутствием возбудить мужество войск и ввиду отсутствия даровитого главнокомандующего и раздоров между многочисленными командирами получить возможность быстрее и энергичнее действовать самому поблизости от театра войны. По распоряжению императора Гацфельд собрал все австрийские и баварские войска и 24 февраля 1645 года у Янкова, или Янковица, против своей воли и вопреки советам, которые он давал, двинул их — последнюю армию императора и последний оплот его государства — навстречу наступающему неприятелю. Фердинанд полагался на свою кавалерию, превосходившую неприятельскую на три тысячи коней, и на помощь девы Марии, явившейся ему во сне и обещавшей верную победу.
Численный перевес императорских войск не устрашил Торстенсена, вообще не привыкшего считать врагов. Уже при первом нападении левое крыло, заведённое генералом лиги фон Гецем в очень неудобную местность среди болот и лесов, пришло в полное расстройство; сам командир пал, вместе с ним — и большинство солдат; почти все боевые припасы армии достались неприятелю. Это неудачное начало решило судьбу всего сражения. Неуклонно наступая, шведы овладели важнейшими высотами и после восьмичасового кровопролитного боя, после бешеной атаки неприятельской кавалерии и отчаянного сопротивления пехоты остались хозяевами поля битвы. Две тысячи австрийцев полегли на месте, сам Гацфельд был взят в плен с тремя тысячами воинов. Так погибли в один день лучший полководец и последняя армия императора.
Решительная победа при Янковице сразу открыла неприятелю путь во все австрийские земли. Фердинанд поспешно бежал в Вену, чтобы позаботиться о защите этого города и обеспечить безопасность себе самому, своим сокровищам и своей семье. Недолго пришлось ждать победоносных шведов — они неудержимым потоком хлынули на Моравию и Австрию. Покорив почти всю Моравию, осадив Брюнн, овладев всеми крепостями и городами до Дуная и даже укреплением у Вольфсбрюке, неподалёку от самой Вены, они появились, наконец, под стенами столицы, и основательность, с которой они укрепляли занятые места, доказывала, что они рассчитывали прочно засесть там. После долгого и опустошительного движения по всем областям Германии поток войны кружным путём возвращается, наконец, к своей исходной точке, и грохот шведских орудий напоминает жителям Вены о ядрах, пущенных в императорский дворец чешскими мятежниками двадцать семь лет тому назад. Театр войны — тот же, и ведётся она теми же способами: как чешские мятежники призвали некогда Бетлен Габора, так теперь Торстенсен призывает на помощь его преемника Ракоци. Уже войска Ракоци вторглись в Верхнюю Венгрию и со дня на день, цепенея от страха, ожидали его соединения со шведами. Иоганн-Георг Саксонский, доведённый до крайности постоями шведов в его владениях, оставленный без помощи императором, который после янковицкого сражения не в силах сам защитить себя, ищет, наконец, спасения в единственном и последнем средстве — заключить со шведами перемирие, которое в результате ежегодных отсрочек затягивается до общего мира. Император теряет друга в тот момент, когда у порога его государства встаёт против него новый враг, когда его войска тают и когда его союзники в других местах Германии терпят поражение за поражением. Ибо и французской армии удалось блестящим походом загладить позор дутлингенского разгрома и сковать все силы Баварии на Рейне и в Швабии. Подкрепившись свежими войсками, которые привёл из Франции герцогу Энгьенскому великий Тюренн, уже прославившийся тогда своими победами в Италии, французы появились 3 августа 1644 года под стенами Фрейбурга, который незадолго перед тем был взят генералом Мерси, охранявшим его со всей своей превосходно укрепившейся армией. Безудержной храбрости французов не удалось, правда, сокрушить твёрдость баварцев, и герцог Энгьенский, потеряв напрасно шесть тысяч человек, должен был решиться на отступление. Мазарини проливал слёзы, узнав об этой огромной потере, на которую, однако, не обращал внимания бессердечный Конде, любивший только славу. «Одна ночь в Париже, — говорил он, — даёт жизнь большему количеству людей, чем убито в этом бою». Однако это кровопролитное сражение до такой степени ослабило баварцев, что они не могли даже сохранить за собой берега Рейна, не говоря уже о том, чтобы спасать теснимую со всех сторон Австрию; Шпейер, Вормс, Мангейм сдаются неприятелю, неприступный Филиппсбург взят голодом, и даже Майнц спешит своевременным выражением покорности задобрить победителя.