Дворянство и зажиточные горожане опасались, что в связи с переворотом развернется движение бедноты, которая, начав с избиения богачей-католиков, перейдет потом к разгрому имущих независимо от их религии и национальности. Беспорядки и народные волнения неприятно подействовали бы на иностранных государей и на дворянство других подвластных Габсбургам земель, у которых чешская оппозиция искала сочувствия. Поэтому сразу же после дефенестрации Турн во главе 400 дворян объехал Прагу, убеждая собравшихся ремесленников и чернорабочих разойтись по домам. На следующий день во всех церквах зачитали обращение директории к народу, призывающее его положиться на сословия и ни о чем не беспокоиться.
При дворе императора царила растерянность. Матвей доживал последние месяцы, и царедворцев, особенно председателя тайного совета всемогущего кардинала Клезля, более всего интересовало то, как изменится их положение при воцарении Фердинанда. Клезля, сына пекаря-лютеранина, проделавшего головокружительную карьеру, глубоко ненавидели родственники императора. Они возмущались его стремлением ограничить их права в наследственных уделах, подозревали его в потворстве протестантам. Фердинанд Штирийский играл не последнюю роль в неоднократных попытках устранить кардинала.
1 июля в Братиславе, во время коронации Фердинанда венгерской короной, в Клезля, смотревшего на торжество с балкона, выстрелили из арбалета, но промахнулись. Эта неудача не обескуражила врагов кардинала.
Мятежных чехов Вена хотела подавить вооруженной силой. Однако постоянных армий в то время не было. В случае войны правительство подыскивало нескольких военачальников - генералов, полковников и капитанов (не обязательно из своих подданных) - и поручало им навербовать и содержать ландскнехтов (пехотинцев) и рейтаров (кавалеристов). Полковники сами назначали капитанов своего полка, а капитаны - младших офицеров и унтер-офицеров. Солдаты заключали со своими командирами договор, в котором обязывались соблюдать известный распорядок. Командир также брал на себя определенные обязательства перед солдатами и не имел права требовать от них чего-либо сверх договора. Так, например, если в соглашении не было записано, что солдаты обязаны работать на постройке укреплений, их потом нельзя было принуждать к таким работам, хотя бы от этого зависел исход сражения. Если государство не выполняло своих обязательств, например задерживало жалованье, солдаты считали себя вправе устраивать настоящие "забастовки" - подчас в разгар сражения - и отказывались идти в бой.
Постоянным источником злоупотреблений было то, что полковники сами выплачивали своим солдатам жалованье, утаивая значительную часть средств. Военачальники имели право карать провинившихся солдат смертью. При войсках постоянно находились профосы - судьи и палачи. Они, впрочем, остерегались слишком раздражать солдат. Тогда полагали, что война продлится недолго и войска будут распущены, а в таких случаях солдаты мстили своим бывшим начальникам за все обиды.
Для содержания мало-мальски приличного войска в 15000 человек в течение хотя бы трех-четырех месяцев требовалось не менее миллиона гульденов. Государственные деятели того времени хорошо знали пословицу: "На войне нужны три вещи - деньги, деньги и еще раз деньги".
Денег на создание армии для подавления чешского восстания в казне не было, обращаться за помощью к Испании Клезль не хотел, чтобы не попасть в слишком большую зависимость от нее. Баварский герцог невзлюбил первого министра императора за постоянное вмешательство в дела Лиги и радовался теперь его невзгодам. Дальнейшее обострение обстановки в Чехии могло вызвать осложнения с дворянством соседних земель и ухудшить положение правительства.
Клезль проявил готовность к уступкам. В посланиях от имени императора он обещал повстанцам помилование, подтверждение привилегий и прав Чехии. Венское правительство заявило даже, что распустит карательные войска при условии, что чехи первыми сложат оружие. Но могли ли протестанты положиться на торжественные обещания Матвея и Клезля? Не следовало ли им ожидать, что, сложив оружие, они окажутся в полной власти Фердинанда, который был должен вскоре заменить Матвея на престоле? Ведь такие люди, как Фердинанд, могли нарушить любое обещание, данное еретикам и мятежникам!