Но вот пламенный патриот Штейн, слишком открыто восторгавшийся испанским восстанием, обратил на себя внимание наполеоновской полиции: было перехвачено одно его письмо, показавшееся Наполеону неблагонамеренным, и император приказал королю Фридриху-Вильгельму III немедленно изгнать Штейна из Пруссии. Король в знак усердия не только сейчас же выполнил приказ, но и конфисковал имущество опального государственного деятеля.
Дело реформ в Пруссии замедлилось, но не прекратилось. Шарнгорст, военный министр, Гнейзенау и их помощники работали, поскольку это было возможно, над реорганизацией армии. По требованию Наполеона, Пруссия не могла иметь армию больше чем в 42 тысячи человек, но разными ловкими мероприятиями прусское правительство умудрялось, призывая на короткий срок, давать военное обучение большой массе. Таким образом, раболепно исполняя волю Наполеона, покоряясь, льстя, унижаясь, Пруссия под шумок всё же готовилась к отдалённому будущему и не теряла надежды на выход из того отчаянного невозможного положения, в которое её поставили страшный разгром 1806 г. и Тильзитский мир 1807 г.
Когда вспыхнула война Наполеона с Австрией в 1809 г., была одна отчаянная, судорожная, произведённая на индивидуальный риск и страх попытка с прусской стороны освободиться от угнетения: майор Шилль с частью гусарского полка, которой он командовал, начал партизанскую войну. Он был разбит и убит, его товарищи, по приказу Наполеона, судимы прусским военным судом и расстреляны. Король был вне себя от страха и ярости против Шилля, но Наполеон пока удовольствовался этими казнями и униженными заверениями Фридриха-Вильгельма. После нового разгрома Австрии при Ваграме, после Шёнбруннского мира и женитьбы Наполеона на Марии-Луизе пропали последние надежды на спасение Пруссии: Австрия, казалось, всецело и бесповоротно вошла в орбиту наполеоновской политики. Кто же мог помочь, на что надеяться? На начавшуюся ссору Наполеона с Россией? Но ссора эта развивалась очень медленно, и на силу России уже не возлагалось теперь, после Аустерлица и Фридланда, прежних упований.
С самого начала 1810 г. ходили зловещие слухи о том, что Наполеон намерен без войны, простым декретом, уничтожить Пруссию, либо разделив её на части (между Французской империей, Вестфальским королевством Жерома Бонапарта и Саксонией, которая была в вассальной зависимости от Наполеона), либо изгнав оттуда династию Гогенцоллернов и заменив её кем-нибудь из своих родственников или маршалов. Когда 9 июня 1810 г. простым декретом Наполеон присоединил Голландию и затем превратил её в девять новых департаментов Французской империи, когда таким же лёгким способом были присоединены к Франции Гамбург, Бремен, Любек, герцогства Лауэнбург Ольденбург, Сальм-Сальм, Аренберг и целый ряд других владений, когда занявший все северное побережье Германии, от Голландии до Гольштейна, маршал Даву в качестве единственного утешения для присоединяемых заявил в официальном воззвании к ним: «Ваша независимость ведь была только воображаемой», — тогда король прусский стал ожидать последнего часа своего правления.
Пруссия в 1810–1811 гг. ждала гибели. Боялся не только король Фридрих-Вильгельм III, никогда храбростью не отличавшийся, но притихли и те либерально-патриотические ассоциации, вроде Тугендбунда, которые в то время отражали стремление части молодой германской буржуазии избавиться от чужеземного угнетателя и затем создать новую, «свободную» Германию. Тугендбунд был не единственной, а лишь самой заметной из этих нелегальных ассоциаций; он тоже приумолк и приуныл в 1810, а особенно в 1811 и в начале 1812 г. Очень уж безнадёжным казалось положение. Министр Гарденберг, некогда стоявший за сопротивление и за это, по требованию Наполеона, удалённый от прусского двора, теперь покаялся формально и в письменной форме довёл до сведения французского посла Сен-Марсана о полной перемене в своих убеждениях. «Только от Наполеона зависит наше спасение», — писал Гарденберг генералу Шарнгорсту. Сам Гарденберг в мае 1810 г. обратился к французскому послу со следующей униженной просьбой: «Пусть его императорское величество удостоит высказаться о том участии, которое я мог бы принять в делах. Это даст существенное доказательство возвращения королю доверия и милостей императора».