Как явствует из записей в досье Завахири, хранящемся в ЦРУ, детство и молодость у него с Балави были поразительно схожи. Оба происходят из образованных семей среднего класса, живших в религиозно-толерантных сообществах, оба увлеклись одновременно медициной и радикально-исламистской идеологией. Отец Аймана Завахири, выросшего в зажиточном пригороде Каира, был известным профессором фармакологии, а его дед по матери являлся президентом Каирского университета. Еще в отрочестве книжный мальчик Завахири познакомился с трудами Саида Кутба
[47], египетского писателя и ученого, ставшего одним из зачинателей современного исламского экстремизма. Весть о том, что Кутба казнили, побудила двадцатилетнего Завахири организовать из группы друзей-единомышленников тайное общество под названием «Аль-Джихад», или «Египетский исламский джихад». Продолжив учебу, он получил в конце концов диплом врача, однако все это время с нетерпением ждал, когда его «Аль-Джихад» вплотную займется свержением светского правительства Египта.Молодой врач Завахири некоторое время работал волонтером в лагерях беженцев вдоль афгано-пакистанской границы. Там, зашивая раны боевикам-моджахедам, воевавшим с Советами, он впервые пересекся с харизматичным молодым выходцем из Саудовской Аравии по фамилии бен Ладен, который тоже приехал в Афганистан помогать оборванным повстанцам в их борьбе против коммунистической супердержавы. Вскоре, вернувшись в Египет, Завахири со своей небольшой группой объединились с другими антиправительственными силами и совершили ряд попыток убийства руководителей Египта, пока одна из таких попыток не увенчалась успехом. 6 октября 1981 года президент Египта Анвар Садат, сидевший на трибуне во время военного парада, был убит, а Завахири попал в тюрьму, предположительно за участие в заговоре с целью устранения одного из наиболее умеренных и прозападных лидеров арабского мира. Позднее в своих мемуарах он написал, что в египетских органах безопасности его пытали.
Пережитое еще более укрепило решимость Завахири способствовать разрушению светских арабских государств и их финансовых устоев посредством эффектных актов террора. Типичным для его доалькаидовского периода стало жестокое нападение в 1997 году на иностранных туристов в знаменитых египетских развалинах Луксора, когда автоматчики планомерно расстреляли шестьдесят два человека, в том числе туристов-японцев, пятилетнего ребенка, из Британии и четверых египетских гидов.
Простых египтян, до этого случая считавших, что «Аль-Джихад» вместе со всем народом борется с коррумпированной и автократичной верхушкой, эта бессмысленная бойня от Завахири оттолкнула, и группа лишилась поддержки. Вскоре Завахири объявил своим последователям, что действовать в Египте далее невозможно, поэтому полем боя отныне станут Израиль и его главный союзник, США. В 1998-м группа «Аль-Джихад» официально влилась в более крупную и лучше финансируемую «Аль-Каиду» бен Ладена.
Расширившись, террористическая группировка постаралась немедленно и как можно громче заявить о себе нападениями, затрагивающими интересы Соединенных Штатов. Первыми в списке стояли посольства США в столицах Кении и Танзании: в 1998 году они были одновременно взорваны бомбами, убившими сотни людей.
Тремя годами позже, расположившись на новой базе «Аль-Каиды» в Афганистане, Завахири помогал планировать атаки 11 сентября. Но главной его задачей на грядущие месяцы и годы было руководство планированием последующих волн террористических ударов. Кроме того, он взял под личный контроль амбициозную программу получения биологического оружия, основав в Афганистане лабораторию и разослав в разные страны своих приверженцев искать ученых, симпатизирующих «Аль-Каиде».
В разведке США есть мнение, что, если бы Завахири хватило времени, его попытки вызвать крупномасштабную вспышку сибирской язвы могли бы иметь успех. Но уже через несколько недель после падения башен Всемирного торгового центра международная коалиция во главе с США начала военную кампанию, в результате которой «Аль-Каида» и ее союзники талибы лишились власти в Афганистане, что и вынудило Завахири, бросив разрабатывавшую бактериологическое оружие лабораторию, бежать из страны. Войска США эту лабораторию обнаружили, нашли и детальные инструкции, оставленные Завахири своим помощникам, от которых он требовал создать высоколетальный штамм возбудителя сибирской язвы.
К 2002 году Завахири, как и бен Ладен, залег на дно в Пакистане — тем более что за его голову назначили награду в двадцать пять миллионов долларов. Однако, в отличие от бен Ладена, он продолжал лично направлять многочисленные вылазки террористов, в числе которых была попытка подвергнуть химической атаке нью-йоркское метро. Эту атаку он, по некоторым сведениям, планировал осуществить в 2003 году, но отменил сам по неясным и поныне соображениям.