Над подоплекой этих событий в постсоветской период ломали голову биографы Троцкого В.Г. Краснов и В.О. Дайнес, исследователи кадров военного ведомства (С.Т. Минаков, Я.Ю. Тинченко) и специалисты по истории разведки (В. Колпакиди и Д. Прохоров) и др. Считают, что «заговор» имел место, С. Остряков, Е.И. Белов и И.А. Дорошенко, публицист Л. Млечин, Н. Черушев и С.Т. Минаков. Исследователь А.А. Зданович в историографической части своей статьи о «заговоре» дает оценки работам С. Острякова, Е.И. Белова и И.А. Дорошенко, Л. Млечина и Н. Черушева. По оценке исследователя, «С. Остряков не только подтверждает наличие заговора, но и указывает на связь заговорщической группы с французской и польской миссиями, а также с антисоветским подпольем в Москве. Следовательно, „офицерскую организацию“ смело можно назвать шпионской, что и было сделано» Е.И. Беловом и И.А. Дорошенко в статье «Создатель советской военной контрразведки». Леонид Млечин в книге «Русская армия между Троцким и Сталиным» искал факты о противостоянии этих лидеров РКП(б). Естественно, по меткому замечанию А.А. Здановича, «эпизод с арестами в Ставке летом 1919 года как нельзя лучше подходил для решения поставленной задачи». Николай Черушев, посвятив 18 старании своей книги «Военное заговоры в Советской России: действительные и мнимые» и не введя в научный оборот новых фактов, сделал одиозный вывод: «…компетентные органы уже в те годы предпринимали меры, чтобы показать свою полезность делу революции, где надо и не надо размахивая карающим мечом»[15].
В параграфе «Слухи о военном заговоре в Красной армии» в исследовании о советском военном руководстве 1920-х годов Сергей Минаков ограничивается пересказом 3-х документов сборника 1975 г. «В.И. Ленин и ВЧК» и позднейшими мемуарами Троцкого. Ссылка на единственный документ предельно неточна: РГВА, ф. 33987 (в фонде секретариата председателя Реввоенсовета Республики 3 описи, тысячи дел и миллионы документов). С.Т. Минаков пишет, что один из участников контрреволюционной группы (скорее всего, имеется в виду состоящий для поручений при Главкоме Е.И. Исаев) заявил, что группа планировала «создать сильный „Генеральный штаб, который влияет на все отрасли жизни страны в целях ее военной мощи, независимо от того, кто стоит во главе правления“», войдя для этого в контакт со служившими у Деникина и Колчака выпускниками Императорской Николаевской военной академии[16]. С.Т. Минаков считает июльские аресты кульминацией событий, начавшихся в мае 1919 г. и связанных с белогвардейской организацией в Петрограде, изменами ряда военных специалистов и сдачей нескольких фортов на подступах к Петрограду[17].
Остальные исследователи (И. Дойчер, В. Краснов и В. Дайнес, А. Колпакиди и Д. Прохоров, Я. Тинченко, А. Ганин) считают обвинения Главкома и его соратников фальсификацией, но расходятся в определении ее причин.