Особый отдел ВЧК продолжал следствие над Ставкой в августе 1919 г. По всей вероятности, в первых числах августа ОО запросил председателя РВТР К.Х. Данишевского о лицах, назначенных на командные должности при приказанию И.И. Вацетиса: 5 августа эти сведения вместе с копией доклада А. А. Антонова от 12 января 1919 г. Данишевский направил И.П. Павлуновскому[532]
. С.И. Гусев продолжал активно содействовать следствию по делу Главкома. 14 августа он направил И.П. Павлуновскому перечень лиц, назначенных в июне — июле на командные должности, с указанием: «все эти лица назначены исключительно в 14-ю армию и, по-видимому, Вацетисом единолично»[533]. Таким образом, чекисты выясняли, какие кадры бывшего Главкома могли представлять опасность для Советской республики. 1 августа Гусев поручил Данишевскому подготовить приказ об отстранении от шифровального дела генштабистов[534]. 6 августа Организационное бюро ЦК утвердило разработанное Гусевым и Данишевским «Положение о комиссарах Полевого штаба Реввоенсовета Республики», наделявшее комиссаров большими полномочиями[535].24 сентября Ф.Э. Дзержинский доложил на заседании о ликвидации контрреволюционных организаций — «Национального центра» и штаба Добровольческой армии Московского района, ни словом не упомянув о ликвидации заговора в Ставке
Провокации вокруг стратегии ВЧК пыталась организовывать и осенью 1919 г. 11 сентября врид заместителя начальника РУ Т.П. Самсонов-Бабий написал С.И. Гусеву «объяснительную записку», в которой настаивал на сокращении и фильтрации состоящей из военспецов Консультации управления: офицеры могут раскрыть советскую агентуру и информировать противника[537]
. Гусев направил копию записки К.Х. Данишевскому с резолюцией: «Это вполне совпадает с моими прежними предположениями. Я жду только решения Оргбюро по этому вопросу, чтобы подписать приказ». 30 ноября Данишевский препроводил еще одну копию этого доклада Ф.Э. Дзержинскому[538]. Не позднее 25 ноября 1919 г. Управляющий делами Особого отдела ВЧК Г.Г. Ягода по распоряжению Дзержинского запросил у помощника военкома ПШ К.Х. Данишевского заключение «о причинах выхода армии Юденича из окружающих его кольцом наших войск, которых было достаточно количественно для полного окружения и уничтожения» противника; «не объясняется ли выход из окружения… нераспорядительностью и недобропредательством[539] отдельных лиц»[540]. По итогам Дзержинский получил ответ с приложением справки за подписью генштабиста С.И. Данилова: «Во время операции против Юденича он фактически никогда окружен не был; 2) Полагаю, что окружение было бы возможно, если 7-я и 15-я армии двигались бы скорее, и 7-я армия не терпела бы прикосновение противника во время боя и если бы 7-я армия не оставляла столько штыков в резерве во время решающих боев; 3) определенно полагаю, что нераспорядительность Д.Н. Надежного сыграла свою роль, как и его неразумное распределение штыков по группам — фактически без ударного кулака»[541].