Все же обсуждение политики Реввоенсовета на закрытых заседаниях военной секции съезда позволило многим делегатам выступить с поименной критикой Троцкого. Как отмечалось в издании «Восьмой съезд РКП(б). Протоколы», «многие делегаты съезда резко и справедливо критиковали центральные военные учреждения и деятельность Троцкого как председателя Реввоенсовета Республики. Они отмечали, что Троцкий и другие руководители военного ведомства не знают положения на фронте, не созывают армейских коммунистов, не совещаются с ними. Делегаты рассказывали, что во время своих поездок Троцкий подавлял всех потоком «отменяющих», «дополняющих» и «исключающих» распоряжений и приказов, вносивших путаницу в руководство боевыми действиями. В своих выступлениях делегаты выражали протест против линии Троцкого, слепо доверявшего старым военным специалистам и пытавшегося свести на нет роль партийных организаций и военных комиссаров против огульных мобилизаций в армию без классового отбора».
В своей речи на секции Ленин осудил нигилистические взгляды «военной оппозиции» относительно привлечения бывших царских офицеров, подчеркнув: «Теперь на первом плане должна быть регулярная армия, надо перейти к регулярной армии с военными специалистами. Когда вы, с одной стороны, в тезисах говорите, – мы за военных специалистов, – с другой – с коллективным командованием, вы себя побиваете».
Несмотря на осуждение Лениным и другими членами руководства ЦК тезисов «военной оппозиции», недовольство практикой руководства Троцкого проявилось в поддержке этой платформы большинством участников военной секции (37 против 20). Тогда меньшинство потребовало перенести обсуждение на закрытое заседание съезда. Хотя здесь резолюция в целом, одобрявшая политику Троцкого, получила большинство, но значительное число голосов против (174– за, 95– против) само по себе свидетельствовало о широком неудовлетворении делегатов съезда принятыми решениями.
Кроме того, на съезде была неоднократно подвергнута критике существовавшая в руководстве партии практика бесконтрольной концентрации власти в руках одного человека. Эти критические замечания были высказаны в связи с оценкой деятельности Я.М. Свердлова.
Преодоление субъективизма в решениях было особенно актуальным в связи с обострившимся положением Советской Республики. Накопив за полтора года на окраинах страны свои силы, белые армии готовили решительное наступление. Продвижение на восток армии А.В. Колчака могло привести к соединению с белыми силами на севере и еще более многочисленными армиями А.И. Деникина на юге. К 1 марта 1919 года 8500 километров фронтов республики защищали 381,5 тысячи бойцов Красной Армии, имевших на вооружении 6561 пулемет и 1697 орудий. Несмотря на сравнительно слабые силы, командующий Восточным фронтом С.С. Каменев был сторонником широкого контрнаступления против армий Колчака. Намеченный командованием Восточного фронта удар с юга принес в конце апреля желаемые результаты.
Неожиданно в разгар успешного наступления по настоянию И.И. Вацетиса и приказу Л.Д. Троцкого С.С. Каменев был смещен с поста командующего Восточным фронтом. Новый командующий А.А. Самойло приказал перебросить успешно наступавшую на южном фланге 5-ю армию на север фронта. Как отмечал Н.Е. Какурин, «последующие события показали, что такой крутой поворот к северу главных сил 5-й армии по обстановке являлся уже излишним, так как под влиянием новых успехов Южной группы противник начал сдавать и на своих северных операционных направлениях». Действия нового командующего фронтом грозили сорвать успешное наступление Красной Армии. В своем письме, направленном А.А. Самойло, М.Н. Тухачевский предлагал ему «соблюдать статью 19-ю полевого устава 1918 года, в которой говорится, что «прежде чем отдать приказ, надо подумать».
Но, очевидно, приостановка наступления Красной Армии на восток была вызвана не ошибкой Самойло, а входила в планы Троцкого и Вацетиса. Последний опасался, что, перейдя Урал, армии Каменева попадут в западню. Разделяя эти опасения, Троцкий в то же время хотел приостановить наступление на востоке, исходя из международных обстоятельств. Как отмечал Дейчер, в это время Троцкий гораздо больше желал очистить Европейскую Россию от белогвардейцев, чем распространять Советскую власть на Сибирь. «Появились новые обязательства: Венгрия и Бавария только что стали Советскими республиками, и Ленин призывал, чтобы Красная Армия установила связь с Советской Венгрией несмотря на то, что польские войска в Восточной Галиции закрывали к ней дорогу. Именно по этим причинам Троцкий желал сокращения обязательств на Восточном фронте. Так как Каменев не отказывался от своего плана преследования, то Троцкий отстранил его от командования».