Троцкий постарался, чтобы этот расстрел послужил примером в назидание остальным, опубликовав по этому поводу приказ, в котором говорилось: «Солдаты Красной Армии не трусы и не подлецы. Они хотят сражаться за свободу рабочего класса. Если они отступают или плохо сражаются, то виновны в этом командиры и комиссары. Я издаю предупреждение: если какое-либо подразделение отступает без приказа, первым будет расстрелян комиссар, следующим – командир… Трусы, подлецы и предатели не избегнут пули – я это обещаю перед всей Красной Армией». В своих воспоминаниях Троцкий объяснял свои действия так: «К загнившей ране было приложено каленое железо».
Расстрелы на Восточном фронте совпали с началом «красного террора», который был провозглашен после покушения 30 августа 1918 года эсерки Фанни Каплан на жизнь Ленина и убийства председателя Петроградского ЧК Урицкого эсером А. Канегиссером. В Петрограде и Москве были расстреляны сотни видных деятелей царского строя, включая ряд бывших министров. Но еще раньше, за несколько дней до начала «красного террора», в Екатеринбурге был расстрелян Николай II вместе со своей семьей. Поскольку до этого Троцкий собирался стать государственным обвинителем на процессе против Николая II, Дейчер, комментируя расстрел в Екатеринбурге, лишь сожалел о том, что «мир был лишен зрелища драматичного процесса, в котором Троцкий и царь стояли бы лицом к лицу».
Узнав о покушении на Ленина, Троцкий тут же выехал в Москву. Троцкий мог убедиться в том, что, несмотря на серьезное ранение, жизнь Ленина вне опасности, стало быть, никаких изменений в руководстве страны не будет. За несколько дней пребывания в Москве он добился решения о создании Реввоенсовета Республики (РВСР) – новой структуры, сильно укреплявшей позиции наркома по военным делам. (Официально об этом было объявлено 6 сентября 1918 года). А 4 сентября 1918 года было объявлено об учреждении поста Главнокомандующего вооруженными силами Республики. Им был назначен И.И. Вацетис, с которым Л.Д. Троцкий сблизился в дни подготовки наступления на Казань.
После доклада 2 сентября на заседании ВЦИК о положении на Восточном фронте Троцкий вернулся в бронепоезде в Свияжск, где принял участие в подготовке штурма Казани. Впервые после 1552 года войско московского правительства, подвергнув Казань, как и 366 лет назад, продолжительному артобстрелу, 10 сентября 1918 года захватило город, выбив из него 4 тысячи чехословаков и белых, которые при отступлении бросили два бронепоезда и 12 орудий, но захватили с собой золотой запас России.
Троцкий категорически отказался удовлетворить просьбу Ленина и дать делегации Международного Красного Креста разрешение посетить Казань. Он не хотел, чтобы делегация увидела последствия артиллерийского обстрела «буржуазного квартала» Казани. Возможно, он не желал пускать лишних свидетелей в город, где вскоре стал издаваться журнал «Красный террор» с использованием материалов об опыте искоренения контрреволюции в Казани.
Вступление Красной Армии на территорию, до этого занятую белыми, сопровождалось жестокими мерами по борьбе со сторонниками прежней власти. Жертвами репрессий нередко становились мирные жители, огульно обвиненные в пособничестве белым.
Так, запугивая донских казаков в своем приказе от 10 декабря 1918 года, Троцкий писал: «Последнее вам предупреждение, казаки! Преступление Краснова и его союзников ожесточили сердца рабочих и крестьян. Ненависть к Краснову нередко переносится на казаков вообще. Все чаще раздаются голоса рабочих и крестьян: «Нужно истребить всех казаков, тогда наступит мир и спокойствие в южной России!» Это, конечно, неверно и несправедливо. Но чем дольше будут казаки оставаться слепым орудием в руках Краснова, тем суровее будут расправляться с ними солдаты Красной Армии».
Население Дона вскоре узнало на собственном опыте, что означали эти угрозы, в ходе осуществления так называемого расказачивания. 24 января 1919 года Я.М. Свердлов, Н.Н. Крестинский и М.Ф. Владимирский подготовили циркулярное письмо ЦК, в котором говорилось: «Необходимо, учитывая опыт Гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления». Как подчеркивают В. Краснов и В. Дайнес, «авторы письма требовали «провести массовый террор… против богатых казаков» и «беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью». Предписывалось конфисковывать хлеб, переселить «пришлую бедноту» на казачьи земли, уравнять пришлых «иногородних» с казаками в земельном отношении, провести полное разоружение, расстреливая каждого у кого будет обнаружено оружие после указанного срока сдачи». Говоря о «расказачивании», Краснов и Дайнес писали: «Днем и ночью на территории Донской области, занятой частями Красной Армии, работала карательная машина, отправляя на тот свет по 40—60 человек в сутки».