В период «культурной революции» внешняя жизнь Китайской Автономной Православной Церкви прекратилась. Были закрыты все храмы, многие священники претерпели гонения, ссылки, некоторые были убиты. Например, в Харбине, где находилась самая мощная община православных верующих, с храмов посбивали кресты. Хунвэйбины сожгли деревянный Свято-Николаевский собор — русскую святыню города. Жгли всю ночь. Старики-русские стояли и плакали. Некоторые из них попытались спасти иконы. Многие церковные реликвии погибли или были растащены. На месте храма был воздвигнут памятник «героям культурной революции», но он долго не простоял: со временем там просто сделали клумбу. В оставшихся церквях богоборцы замазывали изображения святых, а на лица китайских священников они надевали коровьи намордники и на грузовике возили их по городским улицам, избивая при этом. Мало кто из духовенства выжил… Фактически Православие было загнано маоистами в глубокое подполье.
Впоследствии десятилетний период «культурной революции» (1966–1976) был назван самими же представителями компартии Китая «феодально-фашистской диктатурой».
Начало руководством КНР политики реформ и так называемой «открытости» на рубеже 70–80–х годов прошлого столетия привело и к изменениям в религиозной политике этого государства. Она стала более терпимой и прагматичной, но при этом оставалась весьма жесткой и не вполне внятной.
Православная жизнь в Китае начала возрождаться в этот период. Однако движение шло слишком медленно и очень противоречиво. Впервые за долгие десятилетия православная община в Харбине, состоявшая из китайцев, в 1986 году получила разрешение собираться на соборную молитву в Свято-Покровском храме. Хотя верующим и было позволено отмечать религиозные праздники согласно православной традиции, тем не менее конфликты православных с местными властями происходили нередко.
А официальный статус Китайской Автономной Православной Церкви до сих пор не определен, и Церковь лишена возможности во всей полноте жить литургической жизнью.
С 90–х годов прошлого века начали активизироваться контакты Русской Православной Церкви как с официальными властями КНР, так и с представителями Православия в Китае. В 1993 году состоялся визит в Китай делегации Русской Православной Церкви во главе с тогдашним митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом, председателем Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата. Он побывал и в Харбинской епархии. С ответным визитом Москву посетила китайская делегация во главе с настоятелем прихода в Харбине иереем Георгием Чжу. После смерти отца Георгия в 2000 году Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II попросил у китайских властей разрешение прислать преемника на место усопшего священнослужителя, но положительного ответа Его Святейшество так и не получил.
В январе 1994 года вступило в силу «Положение о регулировании религиозной деятельности иностранных граждан на территории КНР», теоретически позволяющее иностранным священнослужителям совершать богослужения по приглашению китайских религиозных организаций и при согласии Управления по делам религии при Госсовете КНР. Проблема пастырства в православных общинах в Китае уже тогда стала настолько критической, что местные власти Синьцзян-Уйгурского автономного района КНР, например, неофициально разрешили с 2002 года архиепископу Астанайскому и Алма-Атинскому Мефодию (Немцову) осуществлять пастырскую деятельность в местных общинах. Однако опыт получился не очень удачным. Так, в декабре 2003 года в Синьцзяне был арестован отец Иларион (Иванов) — русский православный священник из Казахстана. За что? За то, что он раздавал религиозную литературу и совершал богослужения в Кульдже (где есть церковь и проживает, как считается, около двух тысяч православных христиан) и в Тачэне (там храма нет). Интересно, что церковь во имя святителя Николая Чудотворца в Кульдже, разрушенная во время «культурной революции», была восстановлена в 1992 году за государственный счет. Однако на все, что происходит в этом храме, и даже на то, чтобы звонили колокола, необходимо каждый раз получать санкцию властей.
После того как в декабре 2003 года скончался последний православный священник в Пекине-Александр Ду Лифу, встал вопрос о назначении его преемника. И снова решить этот вопрос не удалось. Сколько было случаев, что представители китайского Управления по делам религии давали обещания представителям Русской Православной Церкви или дипломатам Российской Федерации, но на практике они так и оставались обещаниями, не более!