Лысенко и его сподвижники непрерывно вели борьбу со своими критиками. Форма борьбы менялась по мере укрепления положения Лысенко в партийных и правительственных сферах, по мере расширения сети его единомышленников. Если вначале критики рассматривались как идейные противники, то затем они были превращены в идеологических и политических антиподов, а многих из них стали причислять к врагам народа. Уже в 1935 г. на II Всесоюзном съезде колхозников-ударников Лысенко, говоря о борьбе за свой провалившийся метод предпосевной яровизации семян, сказал:
Все это не имело ничего общего с научной дискуссией, где разногласия пытаются разрешить, сопоставляя полученные данные и выясняя причины их расхождения. Речь шла о борьбе с политическими врагами, находящимися на службе империализма, сознательно искажающими науку для оправдания витализма, поповщины, расизма, евгеники и Т. Д. Для борьбы с ними, в сущности, не требовалось знание предмета, так как вместо сопоставления научных фактов для посрамления противников достаточно было указать на противоречия с высказываниями Мичурина, Тимирязева (часто выдуманными) и Лысенко, на противоречия с диалектическим (в их понимании) материализмом и с цитатой, извлеченной из трудов Ленина или — еще лучше — Сталина. Это давало возможность лицам, вообще лишенным биологического образования, но называющим себя философами, громить классиков биологии — Дарвина, Менделя, Моргана, Меллера, Вавилова, Кольцова и др. Часто в этой роли выступали чиновники, имеющие только формальное отношение к науке или вообще никак с ней не связанные. В процессе споров для унижения противников на них навешивали ярлыки, их клеймили позорными словами, разоблачавшими их враждебность диалектическому материализму и советской власти.
В построении всей лысенковской системы большую роль сыграл И. И. Презент. Начиная с 1934 г. он состоял при Лысенко в качестве ведущего советника-методолога по созданию теории мичуринской биологии и по уничтожению всех ее врагов и оппонентов. Презент не имел биологического образования (он закончил в 1926 г. факультет общественных наук Ленинградского университета), но зато был изощренным демагогом, острословом, борясь с противниками, злобно издевался и при этом не гнушался никакими аморальными приемами.
Для посрамления и сокрушения противников в декабре 1936 г. была организована первая крупная дискуссия на IV сессии Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. В. И. Ленина (ВАСХНИЛ) (Н. И. Вавилов был снят с поста президента ВАСХНИЛ летом 1935 г.). Вторая состоялась осенью 1939 г. по инициативе журнала «Под знаменем марксизма». На обеих дискуссиях присутствовали представители и нормальной науки, однако их методы ведения научного спора не могли противостоять тем приемам борьбы, которые были на вооружении лысенковцев. Особенно яростным атакам подвергались Н. И. Вавилов и Н. К. Кольцов. Эти два человека стояли на пути Лысенко к захвату монопольной власти в биологии и сельскохозяйственных науках. Они мешали ему своей выдающейся научной и научно-организационной активностью. Их следовало убрать.
С середины 30-х годов в борьбе со своими противниками лысенковцы начали использовать меры административного и партийного давления и клеветнические политические доносы, нередко завершавшиеся арестами и гибелью оклеветанных. Этот способ и был применен для устранения Н. И. Вавилова с пути Лысенко. В августе 1940 г. Вавилов был арестован, в 1943 г. погиб в саратовской тюрьме. Трагедия Н. И. Вавилова еще ждет своего подробного исследования и описания. Так же как Вавилов, погибли в сталинских застенках Г. А. Левитский, Г. Д. Карпеченко, С. Г. Левит, И. И. Агол, М. Л. Левин, Н. К. Беляев, Н. М. Тулайков, Л. И. Говоров, Г. К. Мейстер и десятки других биологов и крупных специалистов в разных областях сельского хозяйства.