После майской сессии 1950 г., утвердившей лидерство Лепешинской в цитологии, в апреле 1952 г. последовало 2-е совещание, посвященное творчеству Лепешинской, о котором упоминалось выше. В промежутках между совещаниями многие биологи, желая укрепить или улучшить свое служебное положение, приезжали в Отдел живого вещества на поклон к Лепешинской. В 1951 г. по проблеме развития живого вещества разрабатывалось более 60 тем, на 1952 г. была намечена разработка более 70 тем. 1951–1952 годы были вершиной научной карьеры Лепешинской. Эта вершина была достигнута в условиях полностью заглушенной критики. Но вот в конце 1952 г., т. е. еще до смерти Сталина, цензурная преграда была взломана. С трибун и со страниц журналов на учение Лепешинской начал обрушиваться нарастающий поток критики. К сожалению, в тех условиях для разоблачения лженауки Лепешинской нельзя было ограничиваться лишь словесной критикой. Для опровержения приводившихся ею данных приходилось бессмысленно тратить время на постановку опытов, результаты которых были самоочевидны. Уже в 1953 г. критика нанесла Лепешинской серьезный удар. Журнал «Клиническая медицина», опубликовавший в январском номере «содовую» статью Лепешинской, в сентябрьском номере того же года напечатал статьи А. Я. Могилевского и Е. А. Лившица с показом всей вздорности «содовой» деятельности Лепешинской. По поводу ее работ по действию соды на цыплят и головастиков Могилевский, в частности, пишет:
В 1953 г. в печати появились и первые разоблачения работ по образованию клеток из неклеточного живого вещества. Когда из лаборатории Лепешинской сообщили, что клетки, якобы, могут возникать из плазмы крови, лишенной клеточных элементов, то сразу нашлись услужливые биохимики — М. Г. Крицман, А. С. Коникова, Ц. Д. Осипенко (Биохимия. 1952. Т 17), которые описали включение аминокислот в белки плазмы крови, т. е. доказывали способность бесклеточной жидкости синтезировать белки. На следующий год в том же журнале появилась статья В. Н. Ореховича с сотрудниками, в которой было показано, что данные Крицман и других являются грубой ошибкой. Так как опыты велись ими не в стерильных условиях, то аминокислоты включались в белки бактерий, загрязнявших плазму крови.
Еще один удар по данным Лепешинской был нанесен в том же 1953 г. Т. И. Фалеевой (см. Доклады АН СССР. Т 91, № 1). Лепешинская утверждала, что при развитии икры севрюги ядро яйцеклетки рассеивается и она переходит в доклеточную безъядерную стадию. Затем ядро вновь возникает из протоплазматической зернистости. Эти превращения Лепешинская расценивала как пример рекапитуляции, т. е. как воспроизведение в развитии яйца этапа, сходного с тем, который имел место на заре филогенеза, когда клетки рождались из доклеточного вещества. То, что при созревании яйцеклеток ядро и хромосомы присутствуют на всех его стадиях, давно было доказано и известно каждому мало-мальски грамотному биологу, так что для опровержения ложных данных Лепешинской зря тратить время на переисследование этого вопроса было ни к чему. Однако нужно было еще убедить в этом невежественных людей, которые имели то или иное касательство к судьбе биологии, а также молодежь, начинающую знакомиться с этой наукой по учебникам, напичканным идеями Лепешинской. Поэтому труд, затраченный Фалеевой на показ источника ошибки Лепешинской, приходится считать оправданным. Икринка севрюги по сравнению с ядром огромна. Для микроскопирования требуются срезы толщиной около 7 микрон. Фадеева показала, что для разложения икринки севрюги нужно изготовить более двухсот срезов. Ядро же обнаруживается лишь на одном или двух срезах. Лепешинская просто не удосужилась просмотреть достаточное количество срезов.