Борис Годунов тем временем правил страной, и, отдадим ему должное, правил не без успеха. Время его правления ознаменовалось окончательным покорением земель Сибирского ханства и включением их в состав России. Атаман Ермак Тимофеевич, начавший войну против сибирского хана Кучума еще при Иване Грозном, в 1585 г. погиб. Однако сибирская эпопея этим не кончилась – Московское государство продолжало теснить последнего сибирского хана. В 1586 г. в его бывших владениях была построена русская крепость Тюмень, в 1587 г. – город Тобольск, ставший административным центром Западной Сибири, своего рода новой столицей Сибирского царства. Все новые и новые города появлялись за Уралом, становясь опорными пунктами русской колонизации Сибири: в 1591 г. был возведен Пелымский острог (почти полностью населенный ссыльными из Углича), в 1593 г. – Берёзов, в 1594 г. – Сургут и Тара. Продолжавший оказывать сопротивление российскому наступлению, ослепший к тому времени хан Кучум был окончательно разгромлен русским отрядом в 1598 г., уже после воцарения Бориса Годунова, что и позволило ему в 1599 г. прибавить к своему официальному титулу слова «и царь Сибирский». В 1600 г. русские основали свой первый город за Полярным кругом – «златокипящую Мангазею»; в том же году в Сибири основали Туринский острог, а в 1604 г. Томск. Вслед за царскими стрельцами потянулись в Сибирь русские поселенцы – кого-то отправляли в ссылку, а кто-то и сам отправлялся «за Камень» в надежде найти там вольную жизнь, избывая крепостной зависимости, которая все глубже пускала корни в русском обществе. Все дальше и дальше на восток в поисках угодий уходили русские первопроходцы, охотники за «мягким золотом» – мехом соболя, песца и черно-бурой лисицы. На рубеже XVI–XVII вв. русские промышленники добрались уже до берегов Енисея. Отношения с коренным населением переселенцы старались поддерживать мирные, чего от них требовали и распоряжения царя. Борис Фёдорович настаивал на том, чтобы никакого насилия по отношению к сибирским аборигенам воеводы и их люди не допускали; приводить их под государеву руку следовало «не жесточью», а лаской. И эта политика приносила свои плоды: за полвека владения Московского государства продвинутся до берегов Тихого океана, а Сибирь станет одним из важных источников казенных доходов, получаемых от продажи добытой за Уралом пушнины.
Укреплялись южные рубежи Московского царства. В Дикой степи, на пути разорительных набегов крымских татар, строились новые города-крепости, а порой восстанавливались старые, запустевшие после монголо-татарского нашествия. В 1585 г. на Дону вырос город Воронеж, год спустя на пути татарских нападений стали заслоном крепости Курск и Ливны. После татарского набега 1591 г. продвижение русских опорных пунктов в степь продолжилось: в 1592 г. был возобновлен древнерусский город Елец, в 1593 г. – Оскол и Валуйки. В 1596 г. на Северском Донце выстроили Белгород, ставший одной из главных опорных баз российского влияния в этом регионе. В 1599 г., уже после воцарения, Борис Годунов распорядился срубить на южных рубежах крепость Царёв-Борисов. Города-крепости существенно затрудняли крымчакам путь в центральные, наиболее густонаселенные уезды Московского царства. После 1591 г. татарские отряды уже ни разу не доходили до Москвы.
Борис Годунов озаботился также вопросом окончательного закрепления за Россией присоединенного Иваном Грозным Среднего и Нижнего Поволжья (дипломатия Крымского ханства и Османской империи все еще продолжала регулярно поднимать вопрос о возвращении независимости Казанскому и Астраханскому ханствам). На берегах Волги выросли города Самара (1586 г.), Царицын (1589 г.) и Саратов (1590 г.). В Астрахани в 1589 г. завершилось строительство каменного кремля, начатое еще по распоряжению Ивана IV. Центр города опоясался полуторакилометровой крепостной стеной с восемью башнями; высота стен достигала 8 метров, а толщина местами – 12 метров. Построенные русскими воеводами в Поволжье города стояли у наиболее удобных переправ через Волгу. И это заставляло ногайцев, кочующих по двум сторонам реки (Крымской и Ногайской), держаться политической ориентации на Москву. В 1600 г. ногайский князь (бий) Иштерек был возведен в княжеское достоинство астраханскими воеводами, что стало «началом конца» Большой Ногайской орды. Ногайский правитель всецело зависел от поддержки Бориса Годунова и в дальнейшем заявлял: «Только бы де царь Борис ему, Иштереку князю, не дал света видеть, и ево бы де, Иштерека, давно не было».