1 апреля (как ни иронично это звучит для современного человека) в Москве была получена весть о том, что в Дикой степи казаки взяли в плен татарина, который на допросе заявил, что «крымский царь Казы-Гирей збираетца со многими людьми, да к нему же прислал турский царь янычар 7000 человек; а идет крымский царь на государевы украины часа того». Весть о вражеском нападении оказалась как нельзя более к месту: Борис Годунов, опасаясь препятствий своей коронации со стороны бояр, мог теперь, не теряя лица, отложить венчание на царство ввиду того, что держава находилась в великой опасности. Более того – отсрочка венчания выглядела теперь не как проявление слабости и неуверенности, а как благородное решение государственного мужа, для которого интересы державы стоят превыше личных мотивов. Вопрос о своем венчании на царство Борис Годунов поставил в зависимость от исхода противостояния с крымским ханом: было заявлено, что царский венец Борис Фёдорович примет лишь при условии, если Бог явно продемонстрирует ему свою милость, даровав одоление недруга.
Был объявлен сбор полков (некоторые источники называют фантастическую цифру численности собравшегося воинства – до 500 тысяч человек). 7 мая, прожив в Кремле всего неделю, Борис Годунов во главе войска выступил в поход против «своего государева недруга» – хана Гази-Гирея II. Через четыре дня, 11 мая, царская рать стала лагерем на реке Оке под Серпуховом. И лишь спустя месяц, в июне 1598 г., стало очевидно, что никакого татарского набега на Русь не состоится. Годунов написал в Москву Патриарху Иову, на попечение которого была оставлена столица и царская семья, что крымский хан, узнав о смерти царя Фёдора, «о том порадовался и был в великом собранье и хотел идти со всеми своими ратями прямо к Москве». Однако вскоре царь узнал от русских пленных, «что мы с Божиею помощию со всеми своими ратями… пришли на Берег с великим собранием и хотим против его стоять на прямое дело и ожидаем прихода его». Это, по словам Годунова, заставило хана отказаться от прежнего намерения: «Поход свой отставил и на наши украйны не пошел». Ситуация была представлена в выгодном для новоизбранного царя свете – крымский хан, готовый уже идти войной на Москву, узнав, что против него выступил сам Борис Фёдорович, пришел «в мир, и в кротость, и боязньство».
Вместо крымского войска в Серпухов 28 июня прибыло татарское посольство, заявившее Борису Годунову, что Гази-Гирей хочет быть с великим государем «в дружбе и в любви», причем даже в большей, чем император Священной Римской империи, персидский шах и короли Испании и Франции (с двумя последними, правда, ввиду удаленности от России контакты поддерживались крайне нерегулярно). Выслушав крымских послов, 30 июня Борис Годунов двинулся в обратный путь, в Москву. Двухмесячное «стояние под Серпуховом» так и не вылилось в военное столкновение с крымчаками (ряд ученых высказывают сомнения в том, что реальная опасность нападения со стороны татар в тот момент вообще существовала). Зато Борис Фёдорович получил возможность наглядно продемонстрировать боярской оппозиции свою военную мощь и преданность себе всего русского воинства (которое под Серпуховом получало богатое жалованье и регулярно приглашалось на устраиваемые царем пиры).
Во время Серпуховского похода противники Бориса Годунова предприняли последнюю попытку воспрепятствовать его вступлению на престол. Упоминавшийся уже оршанский староста Андрей Сапега в июне 1598 г. получил из Москвы весть о том, что в боярской среде возникла идея возвести на трон крещеного татарского царя Симеона Бекбулатовича. Почти за четверть века до того, в 1575 г., Иван Грозный по не выясненным до конца причинам неожиданно на целый год отказался от царского титула, провозгласив вместо себя великим князем царя Симеона Бекбулатовича, правнука последнего хана Золотой Орды Ахмата. В 1576 г. Иван IV свел царя Симеона с престола, дав ему вместо того титул великого князя Тверского. И вот теперь кто-то из противников Годунова вспомнил о делах давно минувших лет и предложил сделать Симеона Бекбулатовича царем, поскольку тот, пусть и номинально, ранее уже сидел на московском троне. В достоверности информации Андрея Сапеги можно было бы и усомниться, однако есть факты, заставляющие отнестись к рассказу об интриге с царем Симеоном с большим вниманием. В сентябре 1598 г., когда население Московского царства приносило Борису Годунову присягу (второй раз, впервые крест новоизбранному царю целовали полугодом ранее, в марте), в ее текст особо были включены слова: «Царя Симеона Бекбулатовича и его детей и иного никого на Московское царство не хотети видети».