Под руководством митрополита Макария составлена и Степенная Книга — летописный памятник времён Грозного. В ней рассказаны политические и церковные события в русской земле от Рюрика до Иоанна Грозного включительно. Степенная Книга получила своё название от того, что в ней представлено семнадцать степеней, или поколений владетельного княжеского рода. Хотя родословная идёт, собственно, от Рюрика, но счёт степеней начинается с Владимира Святого, как первого христианского государя, которому при Иоанне Грозном придавали царский титул. Таким образом, первую степень составляет Владимир, вторую — Ярослав, третью — Всеволод Ярославин, четвёртую — Владимир Мономах и т. д.
По кончине митрополита Макария, на первосвятительскую кафедру был избран инок Чудова монастыря Афанасий, прежде бывший протопопом Благовещенского собора и духовник государев. Но чрез два года Афанасий по болезни добровольно оставил свой престол и отошёл опять в Чудов монастырь. В преемники ему был назначен Герман, архиепископ казанский. Но беседы его, по словам Курбского, не понравились любимцам Иоанновым: Германа отстранили и вызвали соловецкого игумена Филиппа.
Филипп (в мире Феодор) происходил из знатного боярского рода Колычевых и родился 11.-го февраля 1507 года. Отец его Стефан принадлежал к числу близких людей великого князя Василия Иоанновича. Когда Феодор подрос, то взят был ко двору.
В 1537 году, когда Иоанну исполнилось только 8 лет, а Феодору — 30, последний тайно оставил двор и Москву и удалился в Соловецкую обитель. Приняв там пострижение с именем Филиппа, он в продолжение 10 лет проходил разные, иногда весьма тяжёлые послушания. Возведённый в 1548 году в сан игумена, Филипп в 18-летнее управление обителью совершенно обновил её. Он соорудил в ней две каменные церкви — Успения Пресвятой Богородицы и Преображения Господня, завёл колокола вместо бил и клепал, воздвиг для братии 2-и 3-этажные келии и больницу. А вне монастыря умножил и улучшил соляные варницы, устроил водяные мельницы, завёл скотный двор и оленей, соединил озера каналами и осушил болота, сделал просеки в лесах и проложил дороги. В сане игумена Филипп снова сделался известным Иоанну, посетив Москву в 1550—1551 году, и заслужил его расположение. Царь пожаловал соловецкому игумену грамоты на разные волости, сёла и другие владения, подарил ему богатые ризы, шитые жемчугом, и два покрова на раки угодников соловецких Зосимы и Савватия, а впоследствии прислал 1000 рублей на построение Преображенского храма, два колокола, два золотых креста с драгоценными каменьями и жемчугом и новые жалованные грамоты для подтверждения разных льгот обители. Может быть, Иоанн, оказав Филиппу столько знаков своего царского благоволения, рассчитывал, что Филипп охотно согласится быть в полной его воле и, занимая кафедру митрополита, будет держать его сторону и ни в чём не станет ему противоречить.
Когда Филипп из своей отдалённой обители прибыл в Москву, Иоанн принял его с великою честью, удостоил своей царской трапезы и щедро одарил. Но как только царь предложил ему в присутствии всего освящённого собора и бояр первосвятительскую кафедру, то Филипп сначала смиренно отказывался, ссылаясь на слабость своих сил и уподобляя себя малой ладье, неспособной носить великой тяжести, но потом, будучи «понуждаем» царём и собором на митрополию, смело сказал, чтобы государь отменил опричнину, а не отменит, то ему, Филиппу, митрополитом быть невозможно; а если его и поставит в митрополиты, он затем оставит митрополию. Царь разгневался, но по челобитью архиепископов и епископов отложил свой гнев и велел сказать Филиппу, чтоб он в опричнину и в царский домовый обиход не вступался и на митрополию ставился и после поставления не оставлял её из-за того, что царь не отменил опричнины, а советовал бы с царём, как прежние митрополиты советовали с отцом его и дедом. И Филипп дал своё слово архиепископам и епископам, что он, по царскому слову и по их благословению, соглашается стать на митрополию и в опричнину в царский домовый обиход вступаться не будет. Филипп был поставлен в митрополиты царствующего града.