Довольно быстро опричники осознали свое особое положение в обществе и, чувствуя полную безнаказанность, творили в отношении остального населения ничем не прикрытый произвол. Судиться с опричниками было бесполезно – согласно запискам одного из них, немца Генриха Штадена, царь разослал во все суды распоряжение: «Судите праведно, наши бы виноваты не были». Даже в случае судебного поединка («поля», наподобие того, что описан Лермонтовым в «Песне о купце Калашникове»), побежденный опричник всегда признавался победителем.
Остальная часть Московского государства, не вошедшая в опричнину, называлась земщиной. С земщины Иван Грозный потребовал себе «на подъем» 100 тысяч рублей – сумму, составлявшую примерно десятую часть годового дохода страны. В земщине верховным властителем также оставался Иван IV, но здесь ему приходилось еще мириться с существованием прежней Боярской думы и приказов. Впрочем, особыми условностями в отношении земщины и земцев царь себя не связывал. Казни, состоявшиеся в Москве зимой 1565 г., наглядно это продемонстрировали. Первыми жертвами опричного террора стали боярин князь Александр Борисович Горбатый-Шуйский, отличившийся при взятии Казани, а также его пятнадцатилетний сын Петр. Их не спасло даже свойство с царем (дочь казненного, Евдокия, была замужем за Никитой Романовичем Захарьиным, братом покойной царицы Анастасии). Вслед за ними на плаху возвели окольничего Петра Головина, князей Ивана Куракина и Дмитрия Немого-Оболенского. Не забыл Иван Грозный и о помилованном десятью годами ранее князе Семене Ростовском: опричники схватили его на воеводстве в Нижнем Новгороде, обезглавили и привезли голову «государева изменника» царю.
Новые порядки, введенные царем в Московской державе, вызвали широкое недовольство земцев. Одним из первых несогласие с действиями Ивана Грозного выразил митрополит Афанасий – в мае 1566 г., сославшись на старость и слабое здоровье, он оставил митрополичью кафедру и удалился в монастырь. На место митрополита царь прочил казанского и свияжского архиепископа Германа, но тот стал требовать от Ивана отмены опричнины и был им отвергнут. Тогда сан митрополита был предложен настоятелю Соловецкого монастыря Филиппу. Этот кандидат был человеком с «политическим прошлым»: в миру он принадлежал к одной из известных в стране фамилий Колычевых. Его родственники в 1537 г. оказались замешаны в мятеже князя Андрея Старицкого, и это заставило молодого тогда Федора Колычева тайно бежать на север и принять монашеский постриг. Само выдвижение на пост митрополита человека из семьи, близкой к Старицким, возможно, свидетельствует о попытке земцев противостоять опричной политике самодержца. Тем более что и Филипп, подобно Герману, в качестве условия согласия возглавить церковь потребовал отмены опричнины. Однако сопротивление Филиппа Иван Грозный преодолеть сумел – старец согласился стать митрополитом, поклявшись при этом «в опричнину и в царский домовый обиход… не вступаться, а по поставлении из-за опричнины… митрополии не оставлять».
Одновременно царю пришлось столкнуться с еще одним проявлением недовольства, на сей раз массового. В июне 1566 г. в Москву прибыло литовское посольство, предлагавшее заключить перемирие в продолжающейся Ливонской войне. Для обсуждения литовского предложения в столице был собран Земский собор. Участники собора высказались за продолжение войны, заявив: «Мы, холопи его государевы, за одну десятину земли Полотцкого и Озерищского повету головы положим, за его государское дело с коня помрем». Однако, дав царю согласие на продолжение войны, участники собора решили подать царю челобитную с прошением об отмене опричнины. Под челобитной поставили подписи («руки приложили») около 300 человек. Все они были схвачены и брошены в тюрьму. Большинство из них вскоре были отпущены, но 50 человек при этом подверглись «торговой казни» (были биты палками на торгу), а троих, признанных главными зачинщиками, казнили.