В середине 1613 г. польские отряды под руководством А. Гонсевского опустошили Торопецкий уезд. Под Брянском, Орлом и Карачевым разбойничал бывший тушинец полковник А. Лисовский. Но наибольшую опасность представлял покровитель Марины Мнишек и ее юного сына И. Заруцкий. Он активно призывал в свои отряды вольных казаков и вместе с ними грабил население южных районов. Бывший атаман уверял всех, что является представителем единственно законного претендента на московский трон «царевича Ивана Дмитриевича».
В апреле 1613 г. казачье войско Заруцкого двинулось на юг. Вслед за ним по приказу Михаила Фёдоровича выступили полки под руководством князя И. Н. Одоевского-Меньшого. Около Воронежа состоялось сражение, в ходе которого казаки потерпели поражение. Уцелевшие вояки с Заруцким и Мариной Мнишек отправились к Астрахани. Там планировалось создать самостоятельное государство во главе с «царевичем Иваном».
Желая упрочить свое положение, авантюристы решили попросить помощь у персидского шаха и направили к нему свое посольство. Но тот очень дорожил хорошими отношениями с Россией, поэтому выдал астраханских посланцев московскому послу. Тот их арестовал и отправил к царю.
Действия Марины Мнишек и И. Заруцкого обеспокоили Михаила Фёдоровича. Ведь они дестабилизировали ситуацию на юге страны. Поэтому по его указанию началась подготовка похода на Астрахань. Предварительно в южные города были направлены грамоты с разоблачением самозваных государей, вознамерившихся затеять «новую смуту, воровство, междоусобие и войну».
Жителям Астрахани была направлена особая грамота. В ней писалось, что если «они отстанут от воров», то царь всех простит и покроет их вину своим милосердием. «Впредь ваши вины не вспомянутся».
Для подкрепления обещаний донским и волжским казакам было послано царское жалованье, провиант и одежда. Представителям православного духовенства было рекомендовано рассказывать в храмах о новом законном царе Михаиле Фёдоровиче, его милости, благочестии и щедрости.
Все это создало благоприятные условия для похода царских войск на Астрахань. В мае 1614 г. сами жители подняли восстание против самозваных правителей и вынудили их бежать на реку Урал. Поэтому войска князя И. Н. Одоевского без каких-либо препятствий вошли в город. За беглецами был отправлен небольшой отряд стрельцов. Их обнаружили на Медвежьем острове и под сильным конвоем направили в Москву. Там был устроен боярский суд. По его решению И. Заруцкого и Ивана казнили, Марину заточили в башню, где она вскоре умерла. Так бесславно закончилась авантюра нескольких Лжедмитриев и их последователей.
Принятые царем Михаилом решительные меры позволили довольно быстро нормализовать ситуацию на юге станы. На севере же продолжали разбойничать вольные казаки. Они грабили местное население и выжигали целые деревни. Особой жестокостью отличались отряды атамана Баловня.
Михаил Фёдорович, известный своим милосердием и миролюбием, сначала решил послать против казаков не войска, а представителей духовенства. Они должны были уговорить их «отстать от воровства» и поступить на царскую службу. За хорошее вознаграждение им предлагалось войти в состав отрядов воеводы Л. А. Вельяминова и сразиться со шведами под Тихвином. Духовные лица должны были убедить казаков в том, что царь Михаил не хочет их наказывать и готов простить их «вины».
Первые же переговоры духовенства с верхушкой казачества дали хорошие результаты. Часть казаков согласилась поступить на царскую службу. В январе 1615 г. они получили поместья в Вологодском и Белозерском уездах.
Но некоторые наиболее активные атаманы решили двинуться к Москве и там лично продиктовать царю свои требования. Осенью 1614 г. они осадили Вологду, затем – Ярославль, а в мае 1615 г. уже стояли под Москвой. Против них были отправлены полки князя Б. М. Лыкова. В июле ему удалось разгромить казачьи отряды и взять в плен мятежных атаманов, в том числе и Баловня. Наиболее упорствующие из них были казнены, другие брошены в тюрьму. Простых казаков определили на царскую службу. С 1613 по 1620 г. около полутора тысяч казаков получили поместья в качестве платы за предстоящую службу. Это привело к ликвидации вольного казачества в северных районах страны. С массовыми грабежами и разбоями там было навсегда покончено.
Таким образом, благодаря разумной и милосердной политике правительства Михаила Фёдоровича уже с 1613 г. началась консолидация здоровых сил русского общества вокруг единого центра – царского трона. Это позволило сохранить целостность государства, навести в нем порядок и собрать силы для борьбы с внешними врагами. Самыми опасными из них были Речь Посполитая и Швеция, поскольку их правители уже давно мечтали о московской короне.