В связи со следствием по делу царевича Алексея возникло несколько легенд. Одна из них имеет отношение к фельдмаршалу Борису Петровичу Шереметеву. Его подпись отсутствует среди 127 подписей под приговором, хотя долженствовала стоять там по крайней мере четвертой, а быть может, и второй — сразу вслед за подписью Меншикова. (Первым подписал смертный приговор светлейший князь Меншиков, за ним следуют генерал-адмирал граф Апраксин, канцлер граф Головкин, тайный советник князь Яков Долгорукий и прочие вельможи, военные и гражданские чины по нисходящей. Последним поставил свою подпись «Московский губернии вице-губернатор Василий Ершов».) Почему же нет подписи фельдмаршала Шереметева? Известный историк и публицист второй половины XVIII века князь М. М. Щербатов привел следующий ответ фельдмаршала, проживавшего в Москве, на повеление Петра прибыть в новую столицу для суда над царевичем: «Служить своим государям, а не судить его кровь, моя есть должность». Добавим к этому, что царь был глубоко убежден в том, что в его ссоре с сыном старый фельдмаршал симпатизировал царевичу. Тем более что Петру было известно о давних приятельских отношениях фельдмаршала с Василием Владимировичем Долгоруким, которому грозило наказание.
И все же есть веские основания усомниться в правдоподобности слов, вложенных Щербатовым в уста Шереметеву. Дело в том, что, когда в Петербурге решалась судьба царевича Алексея, Борис Петрович был прикован тяжелой болезнью к постели. Царь же склонен был объяснять отсутствие Шереметева в Петербурге не болезнью, а симуляцией, и эти подозрения лишали Бориса Петровича душевного покоя и омрачали последние месяцы его жизни. К тяжелой болезни прибавились одиночество, чувство обиды и страха перед царем. 14 июня 1718 года Шереметев отправил два письма: одно царю, другое Меншикову. Почти одинаковыми словами он описывал свою болезнь, которая «час от часу круче умножается — ни встать, ни ходить не могу, и опухоль на ногах моих такая стала, что видеть страшно и доходит уже до самого живота, и по видимому сия моя болезнь знатно, что уже ко окончанию живота моего». Шереметев сокрушался, что не может выполнить царского указа о приезде в Петербург, и, догадываясь о сомнениях Петра относительно состояния своего здоровья, обращался к нему с просьбой: «…в той моей болезни освидетельствовать, кому в том изволите поверить». Меншикова он тоже просил при случае сказать царю, «…дабы его величество в моем неприбытии не изволил гневу содержать». Обращение Бориса Петровича к царю осталось без ответа. Тогда он отправил письмо кабинет-секретарю Петра А. В. Макарову с уверением, что ему не доставляет радости жизнь в Москве: «Москва так стоит, как вертеп разбойничий — все пусто, только воров множится, и беспрестанно казнят»; если бы он был здоров, уверял фельдмаршал Макарова, то ни в коей мере не пожелал бы «жить в Москве, кроме неволи».
Приговор 24 июня не положил конец мучениям царевича Алексея. Уже на следующий день к нему был послан Скорняков-Писарев — на этот раз спрашивать о тетрадях, найденных у царевича дома. Царевич отвечал, что в те тетради делал он выписки еще в бытность свою в Карлсбаде из «Церковной истории» Цезаря Барония о разных древних событиях, а «в такой образ, что прежде сего как бывало, а ныне не так; а в народе их разсевать не хотел».
Последний застенок был учинен 26 июня. Вот леденящая душу запись в гарнизонной книге Санкт-Петербургской гарнизонной канцелярии:
«По полуночи в восьмом часу начали собираться в гварнизон его величество, светлейший князь (А. Д. Меншиков. —
Того же числа по полудни в шестом часу, будучи под караулом в Трубецком роскате в гварнизоне, царевич Алексей Петрович преставился».
Тайной было окутано не только следствие по делу царевича, но и его неожиданная гибель. Современникам, включая иностранных дипломатов, ничего не было ведомо о пытках царевича. Отсюда появление разных толков о причинах его смерти.
Официальная версия, запечатленная в Записной книге Санкт-Петербургской гарнизонной канцелярии, как мы видели, сообщала лишь месяц, число и час смерти царевича, без указания причин, ее вызвавших. Столь же лапидарно сообщено о смерти царевича в «Повседневных записках» князя Меншикова: