Битяговский бросился во дворец. Ворота были закрыты, но Кирилл Моховиков отпер их ему, подтвердив, что царевича не стало. По двору метались посадские люди с рогатинами, топорами, саблями. Битяговский побежал в покои царицы – «чаял того, что царевич наверху», но, не найдя никого, спустился вниз. Здесь его заметили дворовые и посадские люди и окружили. Он спросил их: для чего они с топорами и рогатинами? Вместо ответа они стали гоняться за ним и Данилой Третьяковым, который тоже оказался во дворе. Беглецы думали спастись, запершись в Брусяной избе, но толпа «высекла двери», выволокла дьяков из избы и убила обоих. Убили также человека, который выказал сочувствие к Волоховой.
Авдотья Битяговская показала, что велели убить ее мужа братья царицы, Михаил и Григорий, раздраженные постоянными ссорами с ним: Битяговский бранился с Михаилом Нагим за то, что тот «добывает беспрестанно ведунов и ведуний к царевичу Дмитрию» и что он с братом приютили ведуна Андрюшку Мочалова, который гадает им, сколь долговечны государь и государыня.
После убийства Михаила Битяговского с Данилой Третьяковым разделались с Данилой Битяговским и Никитой Качаловым, которые укрылись в Дьячной избе: они тоже были «выволочены» и «побиты до смерти». Затем начали грабить дворы убитых.
«… А на Михайлов двор Битяговского пошли все люди миром, и Михайлов двор разграбили, и питье из погреба в бочках выпив, и бочки кололи» (показания Данилко Григорьева, дворцового конюха).
Вдову Битяговского сильно избили, а подворье разграбили «без остатку». В Дьячной избе разломали «коробейки» и украли 20 рублей государственных денег. При этом убили еще троих людей Михаила Битяговского и двоих – Никиты Качалова; а посадского Савву плотника с шестью товарищами Михаил Нагой приказал лишить жизни за то, что они толковали, будто дьяки убиты «за посмех» (то есть напрасно). Подьячие Третьятко Десятый, Васюк Михайлов, Терешка Ларивонов, писчики Марко Бабкин и Ивашка Ежов, упрекнувшие посадских людей, что зря убили дьяков, услыхали в ответ: «Вам-де от нас то же будет!» – испугались и убежали за город в лес, дожидаться приезда государевых людей. Туда же потянулись многие горожане, опасавшиеся за свои жизни.
Осипа Волохова убили одним из последних. Приехвший по набату в город игумен Алексеевского монастыря Савватий еще застал его в живых около шести часов вечера. Толпа привела Осипа в церковь Спаса, куда зашел Савватий, чтобы повидаться с царицей. Мария стояла у гроба сына; Осип скрывался за одним из столпов храма. Мария указала на него Савватию, как на соучастника убийства царевича. Когда игумен вышел, толпа набросилась на Осипа; его дворовый человек Васька кинулся на тело господина, прикрывая его собой, – так убили и его.
Последней жертвой рассвирепевшей толпы была «женочка юродивая», жившая на дворе у Михаила Битяговского и часто хаживавшая во дворец «для потехи царевичу». Царица приказала ее убить два дня спустя за то, что «та женка царевича портила».
Три дня Углич находился в руках Нагих. Вокруг города на телегах ездили их дворовые люди, по дорогам, ведущим в Москву, были разосланы верховые, чтобы никто не мог подать весть государю об их злодеяниях. Перед приездом следователей Нагие решили скрыть следы своей измены и направить следствие по ложному пути. Городовой приказчик Русин Раков добровольно признался, что был вовлечен в этот заговор Михаилом Нагим, который вечером 18 мая шесть раз вызывал его к себе и, имея за спиной толпу дворни, заставлял его целовать крест: «буде ты наш» – и просил «стоять с нами заодно». Раков волей-неволей согласился. Михаил приказал ему «собрать ножи» и «положить на тех побитых людей», – как доказательство их злых намерений. Раков взял в торговом ряду и у посадских несколько ножей, со двора Битяговского – железную палицу, да свою саблю дал ему Григорий Нагой. Оружие вымазали в куриной крови и положили у трупов Михаила Битяговского, его сына, Никиты Качалова, Осипа Волохова и Данилы Третьякова. Рядом с одним убитым человеком Битяговского положили даже самопал. Несмотря на это разоблачение, Михаил Нагой упорно настаивал, что царевич убит Битяговским с товарищами, а сам он ни в чем не повинен.
Таким образом измена Нагих была очевидна. Убийства государевых людей произошли по их приказу, при помощи их дворни, которая верховодила посадскими. Митрополит Геласий добавил к прочитанному, что царица Марья перед отъездом комиссии в Москву призвала его к себе и говорила с «великим прошением», что дело учинилось грешное, виноватое, и молила, чтобы государь ее братьям в их вине милость показал.