Историки почти единогласно утверждают, что царевна организовала стрелецкое восстание, чтобы получить власть. Действительно, законодательный акт от 29 мая 1682 года об установлении регентства Софьи Алексеевны при царях Иване и Петре определенно наводит на эту мысль. Однако тщательный источниковедческий анализ документа не оставляет сомнений в том, что он был составлен не ранее 1687 года. Никакого акта о регентстве Софьи в 1682 году принято не было. В результате восстания она не получила официальной власти. Ей пришлось самой взять на себя властные полномочия в сложнейших условиях лета и осени 1682 года, поскольку больше никто из членов царской семьи не был на это способен. Софья постепенно подавила стрелецкое восстание и тем самым спасла правящую династию, Москву и всю Россию.
Правление царевны Софьи Алексеевны отмечено активной и в целом успешной внешней политикой. В 1686 году был заключен «Вечный мир» с Польшей, который на 300 лет закрепил за Россией Киев и Левобережную Украину. Большим дипломатическим достижением Софьи и В. В. Голицына стал переход Киевской митрополии из-под власти константинопольского патриарха под юрисдикцию патриарха Московского и всея Руси, остававшуюся стабилизирующим фактором вплоть до наших дней.
Софья и Голицын отказались от планов борьбы со Швецией за возвращение захваченных в начале XVII века российских земель — Ингерманландии и Карелии. Ими было отвергнуто предложение датской дипломатии о вступлении России в союз Дании, Франции и Бранденбурга, направленный против Швеции, Англии и Голландии. В 1684 году был подписан русско-шведский договор, подтверждающий условия Кардисского мира 1661 года. Однако при этом Россия не отказалась в перспективе от борьбы за возвращение утраченных территорий.
Не пожелав вступить в антишведский союз, Россия присоединилась к антитурецкой Священной лиге Австрии, Польши и Венеции. Для выполнения союзнических обязательств были предприняты два похода на Крым. Считается, что они оказались совершенно безуспешными. Однако походы сковывали действия татар Крымской и Белгородской орд, не позволяя им воевать на стороне Турции в Молдавии и Валахии. Тем самым была оказана весьма существенная помощь действовавшим на этом направлении войскам польского короля Яна Собеского. Отвлечение крымских татар и части янычарского войска на борьбу с русской армией у Перекопа и турецких крепостей в устье Днепра способствовало успешным действиям венецианских войск в Центральной и Южной Греции.
Крымские походы стали завершающим моментом в преодолении позорных последствий владычества Золотой Орды. Отныне Россия отказалась от унизительной традиции посылать ежегодные подарки крымскому хану.
Внутренняя политика периода регентства Софьи стала реализацией мероприятий, запланированных в царствование Федора Алексеевича. Начались валовое межевание и описание поместных и вотчинных земель. Продолжился сыск беглых крестьян и холопов. Однако в этом отношении политика Софьи была двойственной. Соблюдая по возможности интересы помещиков и вотчинников, стремившихся вернуть беглых и предотвратить дальнейшие побеги, правительство вместе с тем проявляло лояльность к населению южных пограничных уездов, состоявшему в значительной части из беглых. Те из них, кто был записан в военную службу до 1675 года, не подлежали возвращению хозяевам. Тем самым Софья и ее советники предпочли заботу об обороноспособности страны интересам правящего сословия.
В правление Софьи было основано первое в России высшее учебное заведение — Славяно-греко-латинская академия. Его возникновение было связано с упорной идеологической борьбой грекофилов и «латинствующих». Представитель последних, просветитель и теолог Сильвестр Медведев, являлся главным советником Софьи в духовных делах. Он отстаивал оформившуюся в царствование Федора Алексеевича идею создания учебного заведения западного университетского типа, независимого от церковных властей. Ярым противником этих тенденций свободного «западного мудрствования» был патриарх Иоаким. В сложных условиях борьбы за Киевскую митрополию Софья нуждалась в союзе с патриархом. В результате академия была ориентирована прежде всего на подготовку священнослужителей. С большим трудом удалось утвердить в учебной программе латинский язык, являвшийся в XVII веке языком международного общения. В силу политической конъюнктуры Софье пришлось отказаться от планов своего советника, которые она одобряла и поддерживала.
Правление Софьи стало временем жестокого преследования раскольников. Суровые меры в отношении старообрядцев явились государственно-политической необходимостью, поскольку страна стояла на грани религиозной гражданской войны. За семь лет правительнице удалось сломить сопротивление наиболее радикальной части старообрядчества, что дало возможность Петру I отказаться от крайних репрессивных мер в отношении раскольников.