Прошло еще два дня томительного ожидания. Из Троицы не слышно никаких вестей, даже поехавший туда боярин Иван Борисович словно умер. Истомившись от нетерпения, Софья Алексеевна уговорила брата Ивана Алексеевича послать к Троице своего дядьку, всеми уважаемого старого боярина князя Петра Ивановича Прозоровского с тою же целью — склонить Петра воротиться в Москву. Прозоровского провожал духовник Петра — протоиерей Меркурий. Но и эта попытка не удалась: на другой же день Прозоровский воротился в Москву ни с чем.
Тогда правительница вспомнила о старинном и забытом ею печальнике и миротворце всех княжеских смут и раздоров — патриархе Иоакиме. И она обратилась к нему. Красноречиво и с блестевшими на полуопущенных ресницах слезами жаловалась она ему, как злые люди встали между нею и братом, наговорили ему Бог знает что на нее, не виновной ни в чем, и нет человека, который бы позаботился о примирении их и об устроении царства. Старик размягчился, и несмотря на хворь свою, собрался и поехал к Троице. Уехал он утром 18 августа, и по уговору с Софьей, надобно было ждать его возвращения либо на другой, либо на третий день. Прошли другой, третий и четвертый дни, а патриарха нет. Значит, он так там и остался. «И этот обманул меня», — думала она и жаловалась стрельцам:
— Послала я патриарха для примирения с братом, а и он обманул, уехал в поход, живет там и к Москве не едет.
А между тем с каждым днем все назойливее и назойливее возникал вопрос «что делать?». Нельзя же вечно оставаться в таком положении… Где и в ком искать? К Шакловитому и обращаться не стоит, она узнала его пустоту. Василий Васильевич отстраняется, и хоть по призыву ее бывает на Верху, но, видимо, опустившийся, без воли и энергии. Пыталась было она, по совету его, переманить стрельцов Сухаревского полка из Троицы в Москву, рассчитывая, что если перебегут они, то перебегут за ними и другие, а тогда и царь Петр должен будет воротиться поневоле и с ней помириться. Подсылал Шакловитый к женам сухаревцев, оставшимся в Москве, с наказом уговаривать своих мужей воротиться. «Иначе, — говорили подосланные, — и ваши мужья погибнут в неравном бою, так как у Петра только один полк, а у царевны, девятнадцать, погибнете и вы, и все ваше имущество разграбится». Сухаревские стрельчихи испугались, посылали гонцов за гонцами к мужьями, но те плотно засели в Троице и не двигались.
Прибегали и к чародейству. Преданные Софье Стрижев, Гладкий и Чермной живмя жили в келье у Медведева все с одним и тем же вопросом: что делать и что будет?
— Не бойтесь, — обыкновенно ободрял их отец Сильвестр, — как будто и будет брать верх сторона Петра, но ненадолго, много-много — дней на десять, а там опять укрепится рука государыни царевны. Надобно перетерпеть.
Но пророчество, видимо, не сбывалось, и рука правительницы не только не укреплялась, а, напротив, слабела с каждым днем. Так, вторичные грамоты, присланные князем Борисом от имени Петра из Троицкого монастыря в Москву в стрелецкие слободы, в гостиные сотни, дворцовые слободы и черные сотни, с приказанием полковникам и урядникам с десятью стрельцами от каждого полка, старостам и выборным с десятью теглецами от каждой слободы и сотни явиться без оплошки к Троице под угрозой смертной казни за ослушание не были уже задержаны на заставах, а доставлены беспрепятственно по назначению.
Грамоты произвели ожидаемое действие. Полковники Нормацкий, Спиридонов, Дуров, Сергеев и Нечаев с пятьюстами урядников и множеством стрельцов тот час же собрались и без разрешения отправились к Петру. Но еще более чувствительным для правительницы ударом была перебежка 29 августа к Троице двух братьев Сапоговых, стрелецких капитанов Ефимьева и Рязанова полков. Как самые преданные и деятельные люди Софьиной стороны, участвовавшие во всех ее замыслах, некогда ездившие с подьячим Шониным по улицам московским под видом Льва Нарышкина увечить стрельцов, они могли быть самыми опасными свидетелями.
Видя, как близкие к ней люди бежали от нее, кто с доносом в Троицу, кто спасаясь в окрестные села и деревни, царевна быстро решилась на последнее средство: ехать самой к брату и помириться. Много труда стоило ей это решение, нужно было большое усилие воли сломить свою гордость, но она по крайней мере убаюкивала себя несомненным и все вознаграждавшим успехом. С полной уверенностью собралась царевна и 29 августа выехала из Москвы в поход почти без всякой свиты. Как мала была партия ее в это время, можно видеть из того, что в числе провожавших ее современный летописец называет только князей Василия и Андрея Голицыных, Шакловитого, Неплюева, Змеева и Нарбекова. Эти лица проводили уезжавшую до загородного дома Шеина, где она отпустила их, милостиво пожаловав им на прощание свою руку.