Внутреннее состояние государства в первые годы царствования Алексея Михайловича было так затруднительно, что внешние действия не могли быть энергичны. Государство, только начиная знакомиться со всеми тягостями державы, понимало, что необходимо иметь армию, наемные войска, военные снаряды, дипломатию и администрацию, и было вынуждено постоянно увеличивать налоги, которые были тем обременительнее для каждого, что число налогоплательщиков уменьшилось. Однако русская администрация соединяла с новейшими потребностями прежние пороки: продажность служащих, безнаказанность любимцев и их креатур и недостаточная организация суда доводили до крайности население, которое отличалось меньшей терпеливостью, чем прежние поколения.
В 1646 г. была проведена подворная перепись черносошных, владельческих, монастырских, дворцовых крестьян, посадских людей. Тяглецов перевели с «сошного письма» на «дворовое число». Тягло теперь платили не с количества земли («сохи), а с числа дворов. Переход на подворную подать несколько увеличил доход казны. Но народ быстро понял, как уходить от налога: отец-крестьянин и его взрослые сыновья семьями не делились, а жили большими семьями.
К этому времени, однако, уже ясно обнаружились результаты плохого внутреннего управления Морозова. Царским указом и боярским приговором 7 февраля 1646 г. установлена была новая пошлина на соль. Эта пошлина заменила не только прежнюю соляную пошлину, но и ямские и стрелецкие деньги; она превосходила рыночную цену соли — главнейшего предмета потребления — приблизительно в 1 1/3 раза и вызвала сильное недовольство со стороны населения. К этому присоединились злоупотребления И. Д. Милославского и молва о пристрастии царя и правителя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали народный бунт (Соляной бунт) в Москве и беспорядки в других городах. 25 мая 1648 г. народ стал требовать у царя выдачи Морозова, затем разграбил его дом, убил окольничего Плещеева и думного дьяка Чистого. Царь поспешил тайно отправить любимого им Морозова в Кирилло-Белозерский монастырь. Новая пошлина на соль отменена была в том же году. После того как народное волнение стихло, Морозов вернулся ко двору, пользовался царским расположением, но не имел первенствующего значения в управлении.
16 июля 1648 г. царь, Боярская дума и Священный собор, «боязни ради и междоусобия о всех черных людей», приговорили создать комиссию из 5 бояр (бояр князей Одоевского и Прозоровского, окольничих — князя Волконского, дьяков Леонтьева и Грибоедова) для составления проекта сборника законов. К 1 сентября 1648 г. в столицу были вызваны выборные от «всех людей» Московского государства для обсуждения и утверждения Уложения законов. В ходе работы Земского собора 1648–1649 гг. первоначальный проект был значительно изменен с учетом челобитных, которые привезли с собой выборные. Потом зачитали окончательный текст Уложения и все участники Собора поставили под ним подписи.
В целом Уложение подвело итог развитию России в середине XVII в. Кроме того, оно явилось базой для дальнейшего развития российского законодательства. Как заметил В. О. Ключевский, «завершая собою законодательную работу прежнего времени, Уложение послужило исходным моментом для дальнейшей законодательной деятельности. Недостатки его стали чувствоваться скоро по вступлении его в действие. Его дополняли и исправляли по частям новоуказные статьи, служившие прямым его продолжением: таковы статьи о татебных, разбойных и убийственных делах 1669 г., о поместьях и вотчинах 1676–1677 гг. и др. Этот детальный, часто мелочный пересмотр отдельных статей Уложения, исполненный колебаний, то отменявший, то восстановлявший отдельные узаконения свода 1649 г., очень любопытен как отражение момента московской государственной жизни, когда ее руководителями начало овладевать сомнение в пригодности норм права и приемов управления, в добротность которых так веровали, и они конфузливо стали чувствовать потребность в чем-то новом, недоморощенном, «еуропском».