Все сии отдельные отрасли суда и управления объединяло и стояло в их главе учреждение, наследованное от удельно-княжеского периода, т. е. боярская дума. Согласно с развивавшимся государственным и притом самодержавным строем Московской земли, эта дума получила теперь более определенные очертания. Будучи ближайшей помощницей государя, она хотя имела при нем только совещательное значение, тем не менее приобретала характер прочного и необходимого государственного учреждения с известным кругом действия и ограниченным составом своих членов. Только те члены боярского сословия заседали в думе, которые были пожалованы саном боярина и окольничего, с прибавлением еще таких важных придворных должностей, как дворецкий, казначей, кравчий; кроме того, в нее сажались царем немногие дети боярские, которые во второй половине XVI века называются «думными дворянами». Письмоводством при думе, или думской канцелярией, заведовали «думные дьяки». Из этой канцелярии, как мы видели, выделялись постепенно особые приказы, оставленные в заведовании тех же думных дьяков. Иван III оставил своему сыну думу в количестве 13 бояр, 6 окольничих, 1 дворецкого и 1 казначея. После того в течение XVI века число думных людей то немного увеличивалось, то немного уменьшалось. Иван IV оставил сыну 10 бояр, 1 окольничего, 1 кравчего, 1 казначея и 8 думных дворян. При Федоре Ивановиче число думных людей возросло до 30. Иногда в думу призывалось высшее духовенство; таким образом являлась распространенная дума. Заседания боярской думы происходили в царском дворце, т. е. в одной из его палат (напр. «Золотой», Ответной, Грановитой) или, как тогда выражались, «наверху». По свидетельству одного иностранца в конце XVI века (Флетчера), она собиралась два раза в день, рано поутру и перед вечером; а для текущих дел назначены были три дня в неделю: понедельник, среда и пятница. Хотя председатель думы был сам царь, но он не всегда присутствовал на заседаниях; причем приговоры думы, конечно, поступали на его утверждение, откуда и возникла потом известная формула: «царь указал, бояре приговорили». При Грозном законы большей частью носят такую формулу: царь «уложил со всеми бояры». Кроме текущих дел, преимущественно докладов, которые поступали на рассмотрение думы от разных приказов, ведению ее подлежали важнейшие государственные вопросы, в особенности вопросы внешней политики; иногда она занималась судебными разбирательствами, например делами по местничеству; но главным образом она занималась обсуждением новых законов и постановлений и, следовательно, имела значение по преимуществу законодательное. Рядом с этим официальным и полным советом государя часто существовала другая царская дума, ближняя и негласная, которая и подготовляла решение вопросов в ту или другую сторону; сюда государь приглашал наиболее доверенных членов думы. Наконец встречается еще более тесный совет государев, состоявший из его любимцев, которые даже не всегда принадлежали к составу боярской думы. Мы видели, как в царствование Василия III недовольные бояре устами Берсеня Беклемишева жаловались на то, что великий князь решает дела, запершись у своей постели сам-третей (с Шигоною Поджогиным и кем-либо из дьяков). В первой половине царствования Грозного повторяется такое же совещание царя сам-третей (с Сильвестром и Адашевым). Для своего сына и преемника Федора Иван Грозный даже приготовил особую ближнюю думу из пяти бояр, которая потом в действительности свелась к одному Борису Годунову. Подобные факты суть обычное явление во всякой монархии, особенно неограниченной, где любимцы или доверенные советники всегда играют первостепенные роли; вопрос только в выборе наиболее достойных. Но и помимо ближней или «комнатной» думы государевой и советников-любимцев, за боярской думой оставалось еще много всяких текущих дел, которые она могла обсуждать и исправлять по собственному разумению. А во время малолетства государя или в эпоху безгосударную боярская дума сосредоточивала в своих руках верховную правительственную власть; как это было, например, в малолетстве Ивана IV и позднее в Смутное время.