Брауншвейгское семейство взяли под стражу. В ту же ночь были арестованы Миних, Остерман и Левенвольде. Под стражу были взяты их сторонники, а также те, кто считался приверженцем Пруссии — главным Образом, придворные и государственные сановники немецкого происхождения. Утром 25 ноября 1741 года был обнародован манифест о восшествии на престол императрицы Елизаветы. О незаконности прав Иоанна VI не было сказано ни слова. Более того, дочь Петра Великого всячески демонстрировала перед гвардейцами большую нежность к теперь уже бывшему императору.
Сначала свергнутого младенца с родителями хотели выслать за границу к родственникам и даже уже отправили в Ригу. Но попытка совершить контрпереворот в пользу Иоанна VI и многочисленные дворцовые интриги заставили императрицу Елизавету изменить это решение. А прусский король Фридрих II посоветовал русскому посланнику в Берлине сделать все, чтобы поселить брауншвейгское семейство в каком-нибудь отдаленном месте российских просторов, чтобы о них вообще позабыли. Хотя сразу же после переворота Фридрих и австрийская императрица Мария Терезия, родственники принца Антона Ульриха, обратились к Елизавете с просьбой отпустить его за пределы России, так как он никогда не претендовал на правление Российским государством, а был лишь Отцом ребенка, ставшего в угоду Анне Иоанновне номинальным царем. Елизавета согласилась разрешить Антону Ульриху выехать из России, но не пожелала отпустить его супругу и детей. Принц же, узнав о решении русской императрицы, отказался уехать один. И вот под охраной — брауншвейгское семейство отправляют сначала на восток, в сторону Рязани, а затем в Архангельск, чтобы переправить затем на Соловецкий остров на вечное поселение. Иоанна приказано было везти в отдельной коляске под именем Григорий. С родителями его разлучили навсегда. Однако на остров пленники не попали, помешал сильный шторм. В строжайшей тайне семью поселили в Холмогорах, селе, расположенном на берегу Северной Двины. Их разместили в добротном архиепископском доме, который срочно обнесли высоким забором. На площади примерно в 400 кв. м стояли еще два дома и церковь с башней, тут же был пруд и небольшой сад. Всякая связь с внешним миром была запрещена. Пища — самая простая, отношение солдат стражи — как к арестантам.
Бывшего царя, которому к тому времени уже исполнилось четыре года, поместили в маленьком доме отдельно от родителей. Здесь мальчик рос в полном одиночестве. В качестве надзирателя к нему был приставлен майор Миллер, получивший соответствующие инструкции.
Анна Леопольдовна, внучатая племянница Петра Великого, родила в Холмогорах еще троих детей и была целиком занята заботой о них. Вскоре после рождения последнего ребенка она скончалась от родильной горячки, когда ей еще и тридцати не было. Императрица Елизавета, узнав о смерти своей дальней родственницы, приказала привезти ее тело в Петербург для торжественных похорон. Анну Леопольдовну похоронили в Александро-Невской лавре рядом с царицей Прасковьей, ее бабушкой, и матерью, герцогиней Мекленбургской, старшей дочерью царя Иоанна Романова. О смерти матери бывшему императору, которому к тому времени уже исполнилось шесть лет, не сказали. Его продолжали содержать в полной изоляции от семьи. Лишь несколько приставленных к нему лиц могли общаться с мальчиком, не раскрывая ему тайны его происхождения.
Вопреки строгим запретам, кто-то обучил Иоанна грамоте и рассказал ему, кто он такой. Это резко изменило судьбу девятого царя Романова, достигшего уже юношеского возраста. Он был в полной тайне перевезен в Шлиссельбургскую крепость, расположенную на маленьком островке посреди Невы. Крепость в то время еще выполняла функции оборонительного военного сооружения. Лишь через несколько десятилетий она станет зловещей тюрьмой. Антона Ульриха вместе с детьми оставили в Холмогорах, усилив для видимости охрану, чтобы казалось, что свергнутый царь находится все еще там.
Иоанна поместили в небольшом каземате, расположенном в одной из крепостных стен. Единственное окошко замазали серой краской, чтобы не дай Бог кто не увидел таинственного узника. Страже был дан строгий наказ никому не рассказывать про арестанта, каков он: стар или молод, высок или низок, русский или иностранец…
В тесной камере без дневного света и будет проходить дальнейшая недолгая жизнь несчастного отпрыска царской семьи, так и не познавшего прелести жизни.