Живучий стереотип, будто в исламе религия и политика тесно переплетаются, исторически несостоятелен. На протяжении большей части исламской истории религиозная и политическая власть принадлежала разным группам, и отношения между исламом и властью довольно часто менялись. Религиозная власть принадлежала людям, выделявшимся своим образованием и происхождением, и это наделяло их определенной харизмой. К XVII веку прежние разногласия между учеными-юристами (улемами) и суфиями удалось в значительной степени преодолеть благодаря возникновению суфийских орденов вроде Накшбандии, которые полагали, что верный путь к Богу – взаимодействие с миром, а не отречение от него. Однако у правителей тоже была своя аура. Само пребывание на престоле как таковое часто служило оправданием любых поступков, особенно в постмонгольскую эпоху, когда основным критерием законности служила принадлежность к роду Чингизидов. Улемы были готовы признавать любых правителей, которые соблюдали законы шариата. Однако ситуация постоянно менялась. Ходжи из Алтышара обрели богатство и влияние, консультируя правителей-Чингизидов, но вскоре их амбиции стали расти. Таким образом, Афак Ходжа представляет собой ту часть спектра, в которой суфийский
Экспансия джунгар привела их к конфликту с династией Цин. Маньчжурские воины основали эту династию, когда свергли династию Мин и завоевали Китай – примерно в то же время, когда джунгары строили свое государство. Маньчжуров объединяли со степными народами многие традиции Внутренней Азии. На ранних этапах своих завоевательных походов они покорили восточные монгольские племена и включили их в состав империи в качестве военной элиты. Нурхаци, основатель династии Цин, женился на дочери монгольского вождя, и браки между императорской семьей и монгольской знатью стали обычным явлением. Династия Цин интересным образом соединила политическую идеологию Внутренней Азии и китайские методы организации и с помощью этой комбинации управляла самой густонаселенной империей того времени. Цин была династической империей, ею правила коалиция маньчжурских и монгольских воинов, которые считали, что отличаются от всех покоренных ими народов. Их отношения начались довольно мирно, когда в 1653 году джунгары отправили дипломатическую миссию в Пекин, но затем достаточно быстро ухудшились. Династия Цин ожидала, что джунгары станут вести себя как их вассалы, однако у Галдана (1677–1697 гг.), завоевателя Алтышара, были менее скромные амбиции. Обстановка накалялась, и в 1687 году началась первая из многих войн китайской державы против джунгар. У империи Цин было преимущество огромного земледельческого государства, однако значительные расстояния и размеры территории играли на руку джунгарам, обладавшим большой скоростью и мобильностью, и они раз за разом отражали нападения армии Цин. Джунгары оставались для Цин постоянной угрозой, однако последние осознавали опасность вторжения джунгар в империю и потратили несколько десятков лет на строительство оборонительных сооружений и военных путей на западе. Обретя новую силу, Цин распространили свое влияние на Восточный Туркестан. Мусульманские беки Кумула и Турфана стали вассалами и частью системы военного правительства.