Россия заинтересована в предотвращении войн между новыми независимыми государствами Центральной Азии. В декабре 1991 г., через две недели после того, как три славянские республики решили распустить Советский Союз и создать СНГ, было решено расширить рамки соглашения и включить в него пять центральноазиатских республик. СНГ превратился прежде всего в президентский клуб, в котором бывшая метрополия, Россия, и бывшие окраины, включая центральноазиатские государства, могут вырабатывать новые отношения, основанные на формальном равенстве и независимости. Нельзя переоценить значимость этой структуры, особенно в период до середины 1990-х гг. За исключением отшельника Туркменбаши, все центральноазиатские лидеры регулярно являлись на саммиты СНГ. Следует понимать, что исторической ролью СНГ было содействие в демонтаже империи и строительстве новых государств, а не в воссоздании новой империи.
В мае 1992 г. в Ташкенте члены СНГ подписали договор о разделе военного наследия СССР. В результате расположенные в Центральной Азии части Советской армии в большинстве случаев превратились в ядро национальных армий. Главным результатом этого стало осознание того, что административные границы между республиками СССР являются границами новых государств, хотя и остаются сравнительно прозрачными. Это было чрезвычайно важно в силу произвольности большинства новых границ, раскроивших территории, иногда населенные одной этнической группой. За полтора десятилетия, прошедших после этого соглашения, оно не было серьезно оспорено даже в таких потенциально конфликтных точках, как Ферганская долина33, и представляет собой фундамент межгосударственной стабильности в Центральной Азии.
Россия приняла меры для согласования границ со своим единственным центральноазиатским соседом, Казахстаном. Достигнутое в 1998 г. соглашение о разделе Каспия установило принципы раздела морского дна при совместном использовании водного пространства и ценных биологических ресурсов вроде осетровых (впоследствии Москва подписала аналогичное соглашение с Баку). В 2005 г. Россия и Казахстан подписали и ратифицировали договор о демаркации своей сухопутной границы.
В нескольких случаях Москва открыто не вмешивалась в споры о демаркации границ (между Узбекистаном и Таджикистаном в 1998 г., Туркменией и Узбекистаном в 2004 г., Казахстаном и Узбекистаном в 2005 г. и Узбекистаном и Киргизией в 2005 г.), но, вероятно, пыталась ослабить напряженность закулисными действиями. Открытый конфликт между двумя любыми центральноазиатскими государствами поставил бы Москву в чрезвычайно затруднительное положение, поскольку она предпочитает не становиться на чью-либо сторону в регионе, в котором намерена играть роль верховного арбитра. Однако в середине и в конце 1990-х гг. Москва, вероятно, поддерживала Душанбе и пыталась урезонить Ташкент34
Между тем новые границы, сначала мягкие и прозрачные, постепенно «отвердели». Первоначальная идея Москвы оставить внутренние границы СНГ совершенно открытыми, а охранять только внешние (т. е. с соседями бывшего СССР) потерпела неудачу. При всем своем напускном прагматизме идея открытых внутренних границ при закрытой внешней оказалась на вкус политиков Центральной Азии чрезмерно империалистической. Узбекистан не потерпел присутствия российских пограничников на своей территории. Казахстан действовал точно так же, но избежал при этом конфронтации. В 1999 г. России пришлось передать охрану киргизско-китайской границы киргизским пограничникам, а в 2004 г. и таджикско-афганская граница перешла под исключительный контроль Душанбе. Туркменско-российское соглашение 1992 г., установившее совместное командование пограничными войсками, постепенно отошло в прошлое, а Ашхабад получил исключительный контроль над своими границами.
С другой стороны, и до сих пор можно без всяких виз путешествовать между Россией и центральноазиатскими государствами, за исключением Туркмении, самоизолировавшейся при правлении Ниязова.