До сих пор явления, связанные со сверхтекучестью гелия, продолжают быть объектом исследования во многих странах. Некоторые наблюдавшиеся Капицей и его сотрудниками эффекты были объяснены лишь через много лет. Примером этому может служить получение новой квантовой жидкости — жидкого изотопа гелия 3
He (природный гелий состоит из двух изотопов: 4He и 3He). С теоретической точки зрения квантовая жидкость 3He представляет большой интерес. Теория ее была разработана Л.Д. Ландау в 1956...1957 годах. Это и другие открытия, связанные с жидким гелием, рассматривались Нобелевским комитетом, и в результате Л.Д. Ландау была присуждена Нобелевская премия по физике 1962 года за его «исследования по теории конденсированных сред, особенно жидкого гелия».В 1969 году по просьбе Королевского общества Капица написал биографический очерк о Ландау — своем близком сотруднике, с которым работал вместе с 1937 года. Он писал о Ландау: «Основная его сила как ученого была в четком и конкретно логическом мышлении, опирающемся на очень широкую эрудицию. Но такой строгий научный подход не мешал ему видеть в научной работе и эстетическую сторону, что приводило Ландау к эмоциональному подходу не только в оценках научных достижений, но и в оценке самих ученых. Рассказывая о научной работе или об ученых, Ландау всегда готов был дать свою оценку, которая обычно бывала остроумной и четко сформулированной. В особенности остроумным Ландау был в своих отрицательных оценках. Такие оценки быстро распространялись и, наконец, доходили до объекта оценки. Конечно, это усложняло для Ландау его взаимоотношения с людьми, в особенности, когда объект критики занимал ответственное положение в академической среде».
Изучение Капицей свойств сверхтекучести гелия-II было прервано войной. К осени 1941 года Институт физических проблем эвакуировался в Казань, куда направлялись и другие научно-исследовательские институты Академии наук СССР.
Институт разместили в старинных помещениях Казанского университета. Здесь по соседству были и другие академические институты. После приезда Капицы его вместе с семьей и тестем академиком А.Н. Крыловым поселили в домике, где в начале XIX века жил ректор Казанского университета знаменитый математик Н.И. Лобачевский.
В военное время задачи института изменились. На первое место выдвинулись работы научно-прикладного характера, представляющие особую ценность для промышленности и обороны. Сотрудники института под руководством Капицы занялись проектированием и постройкой ожижителей. Особенно важным считался тогда вопрос о производстве жидкого кислорода. Капице предложили заняться проблемой повышения производства кислорода. В связи с этим он продолжал в Казани совершенствовать турбодетандеры и изучать различные технические вопросы их эксплуатации. Исследования жидкого гелия из-за этого были прерваны.
Тем временем для развития в стране производства кислорода было решено создать в составе Министерства черной металлургии СССР Главное управление по кислороду — Главкислород. Правительство предложило академику Капице пост начальника этого главка и председателя технического совета. Это был редкий случай в практике, когда знаменитого ученого-физика пригласили занять ответственную должность в государственном аппарате. Капица согласился. Он представлял себе Главкислород как организацию особого рода, объединяющую науку и промышленное производство, основанное на научных достижениях.
В 1942 году произошло событие, о котором стало известно лишь много лет спустя. П.Л. Капицу, А.Ф. Иоффе и В.И. Вернадского срочно вызвали в Москву для участия в очень важном секретном совещании. Первый раз ученые и представители правительства обсуждали конкретно вопрос о создании советского атомного оружия. Участники совещания должны были решить, кого назначить руководителем «атомной проблемы». А.Ф. Иоффе сразу же предложил поручить это его ученику — И.В. Курчатову.
Как показало время, выбор был сделан правильно. Курчатов проявил себя выдающимся научным руководителем и организатором огромного коллектива ученых, конструкторов, инженеров и техников — участников работ по «атомной проблеме», завершившихся полным успехом.
Капица не участвовал в этой работе непосредственно. Но Курчатов обращался к нему за консультациями по отдельным вопросам.
Еще до окончания войны, летом 1943 года. Институт физических проблем возвратился из эвакуации в Москву. Переезд из Казани, как и отъезд туда, был неимоверно труден и потребовал больших усилий всего штата, которому пришлось вторично демонтировать оборудование, упаковывать его и грузить в эшелон.
Эта задача была успешно выполнена. Вновь, как и прежде, в корпусах на Воробьевском шоссе закипела работа. Капица и его сотрудники сумели быстро восстановить нормальный ход работы института и приступить к прерванным войной исследованиям. Конечно, одновременно институт продолжал заниматься промышленными и оборонными задачами — война еще продолжалась.