Крестьяне оставляли монастырские земли, и игумен бросался за помощью к князю. Собственно с княжеских грамот монастырям началось ограничение права перехода крестьян от одного феодала к другому, законодательное оформление крепостного права. Например: «Бил мне челом игумен Троице-Сергиевого монастыря Спиридон, что из их сел из монастырских из Шухобальских вышли крестьяне сей зимой. И я, князь великий, дал пристава… И где пристав мой их наедет в моих селах или в слободах, или в боярских селах и слободках, и пристав мой тех их крестьян монастырских опять выведет в их села, в Шухобальские, да посадит их по старым местам, где кто жил» (Указная грамота Великого князя Ивана Васильевича Ярославскому наместнику 1463–1468 г.г. Практикум по истории СССР с древнейших времен до начала XVII в. М., Просвещение, 1991, с.123, 124, 125).
Наиболее разорительной для крестьян являлась барщина: работа на земле владельца отнимала время, необходимое для обработки собственного участка. В церковных и монастырских землях особенно активно распространялась эта форма повинностей. В 1590 г. патриарх Иов ввёл барщину на всех патриарших землях. Его примеру сразу последовал Троице-Сергиев монастырь. В 1591 г. крупнейший землевладелец – Иосифо-Волоцкий монастырь – перевёл всех крестьян на барщину: «И которые деревни на оброке были, и те ныне пахали на монастырь». Собственная крестьянская запашка неуклонно сокращалась. Статистика по хозяйственным книгам монастырей свидетельствует, что если в 50-60-е гг. в монастырских вотчинах центральных уездов средний размер участка на крестьянский двор был равен 8 четвертям, то к 1600 г. он снизился до 5 четвертей (к. и. н. А. Г. Маньков).
Крестьяне на это отвечали восстаниями. В 1595 г. крестьяне Иосифо-Волоцкого монастыря начали «не слушать приказчиков и ключников монастырских и монастырских дел никаких не делать: хлеба молотить и в монастырь возить и солоды растить и дани монастырские давать…, леса монастырские заповедные принялись рубить» (Приходно-расходные книги Волоколамского монастыря 1594–1595 гг.). Игумен «велел крестьян острастить и смирить», обратился за помощью к светской власти, крестьян привели в повиновение.
В Антониево-Сийскому монастырю ~ в 1600 г. царь подарил 22 ранее независимых деревни. Крестьяне скоро почувствовали разницу между свободой и рабством. Для начала монастырские власти «учали с них имати насильством дань и оброк втрое»: вместо 2 рублей 26 алтын и 4 денег по 6 рублей 26 алтын и 4 деньги. «Да сверх дани и оброку на монастырские труды имали на всякое лето с сошки по 3 человека», «да сверх того они, крестьяне, зделье делали» – пахали землю и косили сено на монастырь. Наконец, монахи «поотнимали лучшие пашенные земли и сенные покосы и привели к своим монастырским землям», «а у иных крестьян они, старцы, деревни поотнимали с хлебом и с сеном, и дворы ломали и развозили, а из их деревень крестьяне от того игуменова насильства, з женами и з детьми из дворов бежали». В 1607 г. монастырский игумен подал царю челобитную: «Монастырские крестьяне ему, игумену, учинились сильны, наших грамот не слушают, дани и оброку и третного хлеба им в монастырь не платят, как иные монастырские крестьяне платят, и монастырского изделия не делают, и ни в чем де его, игумена с братией не слушают, и в том ему, игумену чинят убытки великие». Не дождавшись от царя реакции, монастырь принялся решать свои проблемы сам, организуя карательные экспедиции. Старец Феодосий с монастырскими слугами убили крестьянина Никиту Крюкова, «а живота остатки (имущество) в монастырь взяли все». Старец Роман «со многими людьми, у них крестьян, из изб двери выставливали и печи ломали». Крестьяне, в свою очередь, убили нескольких монахов. Победа осталась за монастырем.
В начале XVII века крепостное право получило официальное одобрение церкви. 09.03.1607 г. последовало «Соборное уложение о запрещении перехода крестьян», принятое Шуйским вместе «с отцом своим Гермогеном патриархом, со всем освященным собором (Соборное Уложение 1607 года // Хрестоматия по истории России с древнейших времен до 1618 года. М., 2004. с. 629–630). В 1649 г. «Соборное Уложение» окончательно утвердившее крещёную собственность, было подписано всеми членами Освященного Собора – собрания высших иерархов Церкви. Не удивительно: у белого духовенства тоже были крестьяне.