Компетенцию Управления составили «все те дела, которые подлежали ведению и решению возглавляемых Патриархом Священного Синода и Высшего Церковного Совета… в полном соответствии с установленными правилами Всероссийского Поместного Собора». Уравнение в компетенции стало одной из причин последующего разделения Русской Православной Церкви. Однако весной 1919 г. уверенность в неизбежной и скорой победе Белого дела и скорейшем освобождении Патриарха» была столь велика, что работа, автономного ВВЦУ не воспринималась еще как длительная. Примечательно, что сами руководители Белого движения подчеркивали необходимость активного участия Церкви в борьбе с советской властью. Об этом говорил в своем обращении к Собору главком ВСЮР ген. Деникин: «…Церковь в плену… И я от души приветствую Поместный Собор юга России, поднимающий меч духовный против врагов Родины и Церкви…».
Помимо принятия положения о ВВЦУ, о церковном приходе, Собор принял обращения к Верховному Правителю России адмиралу А.В.Колчаку, Всевеликому Войску Донскому, Терскому и Кубанскому казачьим войскам, ко «всем чадам Православной Церкви и к красноармейцам. В них уже напрямую говорилось о необходимости вооруженной борьбы с советской властью: «все воинства, сражающиеся с большевиками… орудие в руках Божиих… Да укрепит же и да ниспошлет Господь Вседержитель силы на предстоящий бранный подвиг по освобождению не только родного края, но и московских кремлевских святынь…»…
Повседневная церковная жизнь на юге России, так или иначе, оказывалась связанной с Белой властью, ведь эта власть поддерживала Церковь. Многие священнослужители, особенно на Дону и Кубани, участвовали в проповеднической работе в рядах Белой армии. Сохранилось большое количество приказов, распоряжений о награждении священников за «неусыпные труды при исполнении служебных обязанностей», за совершение церковных треб во время «гонений» саном протоиерея и игумена, камилавкой и скуфьёю, наперсным крестом на георгиевской ленте, архипастырским благословением от епархиальных советов. В самом Новочеркасске был заложен храм «Освобождения Дона» в честь Чудотворной иконы Божией Матери Аксайской. Дон и Кубань в 1918–1919 г.г. были выделены в самостоятельные епархии: Кубанскую (из состава Ставропольской) и Ростовскую и Новочеркасскую (из состава Екатеринославской). С июня 1919 г. в Новочеркасске при епархиальном училище начали работу военно-проповеднические курсы, готовившие пропагандистов для работы на фронте, в запасных частях предполагалось ежегодно готовить до 30 пропагандистов. Во всех полках ВСЮР были восстановлены должности полковых священников…
Таким образом, в 1919–1920 г. окончательно сформировалась идеология Белого дела, в котором Русскому Православию отводилась ведущая роль (подчеркн. авт.). Возрождение традиционных духовных ценностей, основ русской государственности, нравственной свободы, семьи, а самое главное – Вере в Бога – всё это присутствовало на страницах политических программ южнорусского Белого движения.
После поражения «похода на Москву» и отступления Белых многие священнослужители вынуждены были оставить свои приходы, опасаясь репрессий со стороны советской власти, храмы приходили в еще большее запустение. Члены ВВЦУ или уходили «в затвор» в монастыри (как, например, епископ Донской Митрофан, затворившийся в Старочеркасском Ефремовском монастыре), или уходили вместе с отступавшими Белыми армиями. Большинство южнорусских епархий оказалось обезглавленными. Россию покинули митрополит Киевский Антоний, архиепископ Волынский Евлогий, Кишиневский Анастасий, Курский Феофан, архиепископ Таврический Димитрий. Это сделало возможным быстрое распространение на Украине как униатской церкви, пытавшейся насадить здесь свои обряды, так и «обновленцев-живоцерковников». На территории Украины, занятой в 1919 г. Добровольческой армией, автокефалия не восстанавливалась, епархии включались в ведение ВВЦУ.
По особому сложилась судьба Православной Церкви в Белом Крыму в 1920 г. Сменивший Деникина на посту Главкома генерал Врангель был убежденным сторонником придания православию характера общегосударственной идеологии… С этой целью он идет на беспрецедентный шаг, утвердив в должности «епископа армии и флота» (новая должность, заменившая протопресвитера армии) епископа Севастопольского Вениамина (Федченкова). Он совмещал тем самым управление своей епархией с руководством армией и флотом, которые теперь также получили статус самостоятельной епархии…
Незадолго до эвакуации из Крыма в октябре 1920 г., по представлению епископа Вениамина предполагалось ввести новые должности – корпусных благочинных. Тем самым, иерархия военного духовенства приобрела бы завершенный вид, объединив всех священников епархиального управления армии и флота…»