Предсоборное Присутствие приступило к работе 8 марта 1906 г. в Александро-Невской Лавре, но регулярные заседания начались 14 марта 1906 г. и продолжались до 13 июня, затем был объявлен перерыв, и работа возобновилась лишь 1 ноября, чтобы окончательно прекратиться 15 декабря. Таким образом, Предсоборное Присутствие активно действовало лишь четыре с половиной месяца. Если принять во внимание то, что свою работу оно начинало в один из наиболее острых периодов борьбы с революцией, а завершило в то время, когда революция была почти полностью подавлена, станет ясно, почему интерес светских властей к созыву Собора за несколько месяцев резко понизился: в стране изменилась политическая обстановка. В условиях относительной стабилизации государственной машины у светских властей вызывало опасения дальнейшее укрепление церковной самостоятельности, влекущее за собой корректировку церковно-государственных отношений. Впрочем, первоначально же никто не сомневался в эффективности предстоявших богословам трудов.
Работа происходила в отделах (их было семь) и в общем собрании. Предполагалось, что все рассмотренные в отделах вопросы будут затем «пропущены» через общее собрание Присутствия. Однако для этого не хватило времени. На общем собрании были полностью рассмотрены работы первого и второго отделов и лишь некоторые разработки отделов с третьего по седьмой.
Первый отдел Присутствия, которым руководил архиепископ Херсонский Димитрий, оказался наиболее представительным: 26 членов, подавляющее большинство – профессора духовных академий. Заседания проходили в зале Училищного совета при Святейшем Синоде (Кабинетская ул., 13). Задачей отдела было рассмотреть вопрос о составе Поместного Собора и порядке решения дел на нем, а также проблему преобразования центрального церковного управления. Главное, что удалось полностью рассмотреть первому отделу и представить на общее собрание, а затем и на утверждение императора, – это проект положения о составе Собора (за исключением порядка выборов на Собор депутатов от клира и мирян).
Второй отдел, руководимый архиепископом Литовским Никандром, рассматривал вопрос о разделении России на митрополичьи округа, об их организации и о преобразовании местного церковного управления. В его состав входило 13 человек, причем некоторые из них были также и членами других отделов (например, первого). Работал второй отдел на Синодальном Преображенском подворье (Большая Подьяческая ул., 32).
Третий отдел под руководством архиепископа Ярославского Иакова занимался вопросами об организации церковного суда и пересмотре брачных законов, включая законы о смешанных браках. Заседания происходили в статистическом отделе Училищного совета, на той же Кабинетской улице. Для работы в отделе записалось всего 9 человек.
Четвертый отдел (председатель – епископ Могилевский Стефан), в работе которого участвовало 13 человек, исследовал один из наиболее болезненных в русской церковной жизни вопросов – о благоустроении прихода, а также вопросы о церковной школе, о порядке приобретения церковной собственности, о епархиальных съездах и участии священнослужителей в общественных и сословных учреждениях. Члены отдела собирались для заседаний в Синодальном архиве, располагавшемся в здании Святейшего Синода.
Пятый отдел под председательством епископа Псковского Арсения обсуждал вопрос о преобразовании духовно-учебных заведений. Участвовать в его работе изъявили желание 20 человек. Они собирались в зале заседаний Учебного комитета, в Святейшем Синоде.
В том же здании, в Синодальном архиве, проходили встречи шестого отдела, занятого делами веры – о единоверии, о старообрядчестве – и некоторыми другими. Восемь членов под председательством Волынского епископа Антония пытались распутать сложный узел взаимоотношений главной конфессии империи с теми, кого еще совсем недавно называли «раскольниками» и с кем велась активная борьба.
Последний, седьмой, отдел занимался анализом мер, необходимых «к ограждению православной веры и христианского благочестия от неправых учений и толкований ввиду укрепления начал веротерпимости в империи». Председателем этого небольшого отдела (в его работе принимали участие всего 7 человек) был архиепископ Финляндский Сергий. Заседания проходили в библиотеке Училищного совета на Кабинетской улице.