В своем христологическом исповедании Феодорит искал «средний» путь, «путь евангельских догматов»... Он старался твердо держаться предания. Но ему пришлось богословствовать в споре. В этом споре он оказывается представителем Антиохийской школы, в христологии которой сказалось с самого начала напряженное отталкивание от аполлинаризма. Первое изложение своих христологических воззрений Феодорит дал в трактате «О вочеловечении Господа». В нем чувствуется резкое отталкивание от Аполлинария. Феодорит прежде всего показывает полноту человечества во Христе, его неизменность в соединении. Он исходит из факта домостроительства, как из дела и откровения Божественного милосердия и любви. Только при восприятии полного человечества с разумною душою достигается спасение. Если бы Спаситель не был Богом, тогда спасение не осуществилось. И если бы он не был человеком, то Его страдания, Его «спасительная страсть», были бы для нас бесполезны. Отсюда Феодорит приходит к исповеданию Христа Богом и человеком... Соединение естеств он мыслит нераздельным. Два естества соединены в едином Лице, в единстве жизни, «эн просопон» — нужно заметить, что Феодорит резко различает понятия «лица» и «ипостаси», и «ипостасис» для него остается синонимом «фюсис»... Воплощение есть восприятие, и восприятие всецелого человека... Образ соединения «божественной природы» или «формы» с человеческой, Феодорит обозначает, как «вселение, связь, общение, единство». В человеке, в «видимом», скрыто обитало Слово, как в храме, и проявлялось в нем своими действиями... Божество нераздельно соединено с человечеством, но Феодорит прежде всего подчеркивает «различение естеств», «особенности естества»... «Мы не разделяем домостроительство на два лица и не проповедуем двух сынов вместо Единородного, но учим, как научены, что два естества, ибо иное Божество и иное человечество; иное сущее и иное сделавшееся, иное образ Божий, и иное образ человеческий, тот Воспринявший, этот воспринятый»... Феодорит резко различает эти две стороны. Так об искушении Христа он говорит: «ведется не Бог Слово, но воспринятый Богом Словом от семени Давида храм», «образованный Духом для Бога Слова в Деве храм»... Поэтому и пресвятую Деву он называет сразу и Богородицей, и Человекородицей, — «последним именем потому, что действительно родила подобного себе, а первым, — потому что образ Божий был соединен с образом раба»... Феодориту, по-видимому, представлялось, что только соединение обоих имен исключает всякий намек на нечестивое «слияние» естеств. Во всех этих формулировках с чрезмерной резкостью подчеркнута особенность и самостоятельность человечества во Христе, как бы особого «человека»... Вместе с тем понятие «единого лица» недостаточно на тогдашнем языке выражало полноту соединения. «Перенесения имен» Феодорит старательно избегал. Это делало неизбежным его отрицательное отношение к анафематизмам святого Кирилла.
В заключениях на «главы» святого Кирилла Феодорит, прежде всего, возражает против понятия «ипостасного» или «естественного» единства, и противопоставляет ему понятия стечения или соединения.