19 августа 2005 г. на Валааме патриарх Алексий (Ридигер) отметил, что существующий на Соловецких островах музей препятствует возрождению монастыря. Он выразил сожаление в связи с такой позицией музейных сотрудников и выразил надежду, что вскоре ситуация изменится к лучшему. Очевидно, он знал, что говорил. Музей предпринял контрмеры. Михаил Лопаткин в сентябре дал интервью, в котором подчеркнул конструктивный характер сосуществования музея и монастыря и оговорил сферы ответственности каждой из сторон, «хотя, бывает – искрит: два хозяина на территории, в одном огороде копаются». Без искры не обошлось: 9 сентября при участии РАО ЕЭС была запущена система художественной подсветки Соловецкого кремля.
Однако проведение Центром журналистики северных стран «Баренц-пресс» семинара «Культура – наше общее достояние» в июле 2005 г. выявило серьезные проблемы этих взаимоотношений. Музейщики утверждали, что предлагали передать монастырю еще несколько зданий, но тот отказался, представители монастыря это отрицали, возможно, имея в виду отсутствие юридически оформленной процедуры. Архимандрит отрицал и участие музея в реставрации переданных монастырю объектов, что в отношении надзорной функции было правдой. Выяснилось, что монастырь претендовал на только что отреставрированные музеем объекты, в том числе одностолпную Трапезную палату XVI в. При этом автопарк обители был самым богатым на острове. Монастырские хозяйственники, сконцентрировав всю технику, включая трактора и Nissan Patrol, во дворе обители, жаловались на тесноту, хотя под эти нужды братии была выделена большая территория скотного и каретного двора.
Принципиальные разногласия касались создания мемориального Музея жертв репрессий. Патриархия была решительно против того, чтобы Музей-меморий ГУЛАГа был создан в одном из храмов или скитов, на том историческом месте, где располагались нары и камеры. Возражения касались и того факта, что в лагере содержались не только заключенные православного исповедания. Признание этого потребовало бы придания будущему музею многоконфессионального характера. Вариант патриархии предполагал не только духовную и культурную монополию на острова, их образ и историю, но и манипуляцию исторической памятью о коммунистическом терроре. В этих условиях наступление на музей продолжалось. 20 октября директор был вынужден выступить с официальным заявлением о ситуации, сложившейся вокруг предложений музея-заповедника, монастыря и администрации Соловецкого района по перспективам сохранения и развития Соловков от 27 сентября. Им же был предложен проект решения совещания при главе администрации Архангельской области по проблемам сохранения и развития Соловецкого архипелага. В сентябре это совещание не состоялось и было перенесено как раз на 20 октября. Проект предполагал параллельное активное развитие музея и монастыря, что требовало решения вопроса об охранно-правовом статусе островов и увеличении масштабов финансирования ремонтно-реставрационных работ. Разрешение конфликтной ситуации требовало перехода к единому оперативному управлению Соловецким комплексом и наделению музея-заповедника полномочиями по оперативному управлению создаваемым историко-культурным заповедником федерального значения.
Одновременно в околоцерковной прессе были сформулированы конкретные претензии к музею. У монастыря до сих пор нет братского двора – внутренней территории, а в наместническом корпусе располагается экспозиция. За вход на территорию монастыря до недавнего времени с посетителей взималась плата, на стенах кремля были установлены видеокамеры, расцененные братией как вторжение в их личную жизнь. На монастырском причале одно время стояли пивные палатки с громкой поп-музыкой, а у входа в обитель была размещена вызывающая коммерческая реклама. Музей обвинялся в раздувании штатов и неисполнении своей главной функции – охраны и восстановления природного и культурного наследия, что звучало по-особому на фоне разрушения древностей монастырской братией в Преображенском соборе. Некоторые направления деятельности музея, рассчитанные на восприятие не только православной, но и светской культурой, вызвали недовольство монастыря и православной общественности. К таким инициативам относился Центр современного искусства «АртАнгар» (2001–2004), использовавший технологии «культурной провокации». Музей обвинялся и в экспансии на Соловки языческих культов, связанных с неолитическими памятниками и «шабашами оккультистов» на Большом Заяцком острове.