В любом случае, список не был по всем позициям согласован с епархиальными архиереями и тут же оказался пополнен их амбициями. Один из первых конфликтов на этой почве разразился в Петербурге уже в сентябре 1990 г. Новый митрополит Иоанн (Снычев) потребовал вернуть церкви Рождественский собор Смольного монастыря, который не входил в патриарший список и в котором до сих пор располагается концертный зал. Обращение вызвало полемику в прессе и недовольство патриарха. Его интерес к церковному Петербургу в ущерб местному епископу, традиционно назначаемому из числа «благодарных провинциалов» с кругозором сельского священника, был очевиден. В январе 1991 г. патриарх практически согласился с предложением мэра города Анатолия Собчака организовать ставропигию Казанского и Исаакиевского соборов и храма Спаса на крови в виде «особого патриаршего попечения» над ними. Интересно, что тогда патриарх еще считал возможным сосуществование в Казанском соборе действующего храма и Музея русской воинской славы 1812 г., а храм Спаса на крови предложил приписать к Казанскому собору и сделать его музеем русской мозаики.
Текст сопроводительного письма патриарха от 30 августа премьеру представляет самостоятельный интерес. Мы присутствуем при продолжении неоконченного диалога. Текст начинается словами «в качестве первого этапа – препровождаю Вам список храмов, которые необходимо вернуть в собственность церкви». При этом предлагалось «долевое участие государства и общественных организаций и фондов» в финансировании восстановительных работ, а также выделение «на все передаваемые объекты через систему материально-технического снабжения РСФСР достаточного количества строительных материалов». В официальных биографиях И. Силаева, с июня 1990 г. по сентябрь 1991 г. занимавшего пост председателя Совета Министров РСФСР, постоянно говорится: «Одним из первых шагов правительства Силаева была инициатива передачи 500 церквей и храмов Русской Православной церкви, которая была поддержана его святейшеством Патриархом Московским и всея Руси Алексием II». Так кому же принадлежала инициатива – председателю или патриарху? Очевидно, у каждой из сторон здесь были свои интересы. Возрождение церковной жизни в сознании большинства россиян связывалось исключительно с открытием храмов. Правительство «шло навстречу пожеланиям народа», одновременно рассчитывая передать «на баланс» церкви многочисленные храмовые здания. К тому же предстояло противостояние российской и союзной бюрократии, и поддержка со стороны «патриарха всего СССР» была важна для исхода этой борьбы. 18 сентября И. Силаев накладывает на письмо резолюцию, обращенную к совминам автономных республик, край– и облисполкомам, Московскому и Ленинградскому горисполкомам: «Прошу рассмотреть и сообщить, в какие сроки можно освободить». После этого премьер задумался и о культуре: «т. Соломину Ю. М. Прошу переговорить». Характерна реакция местных властей на поручение премьера, выразившаяся в практически повсеместном отказе исполнить «московскую волю». Однако в стране назревали более важные для церковной жизни события, чем келейные договоренности между государственной и церковной властью о разделе собственности. Закон СССР «О свободе совести и о религиозных организациях» № 1689-1 был принят 1 октября 1990 г., а 25 октября 1990 г. Верховный Совет России принимает Закон «О свободе вероисповеданий». Они предусматривали возвращение религиозным организациям не только прав юридического лица, но и имущества религиозного назначения на основе договора с государством.
Чуть позже, 25 декабря 1990 г., Верховный Совет принял постановление № 447-1 «О неотложных мерах по сохранению культурного и природного наследия народов РСФСР», подписанное Борисом Ельциным. Местным советам предлагалось (пункт 5) предусмотреть приоритетное право использования культовых зданий по их первоначальному назначению с одновременным отводом земель и строений, необходимых для выполнения религиозными организациями их функций. Порядок передачи государством зданий и культовых предметов религиозным объединениям определяется законодательством РСФСР. Естественным развитием этого постановления становилось совершенствование законодательства, посвященного передаче памятников культуры религиозным организациям и усилению ответственности за порчу и разрушение этих памятников. Однако Россия так и не приняла подобного акта в отличие от СССР. Закон № 2284-I (Д) «Об уголовной и административной ответственности за нарушение законодательства об охране и использовании памятников истории и культуры», подписанный Михаилом Горбачевым 2 июля 1991 г., фактически сразу же утратил силу и не обрел правоприменительной практики на территории России.