Приказ тогдашнего руководителя Федерального агентства по культуре и кинематографии М. Е. Швыдкого от 21 сентября 2006 г. за № 466 «О внесении изменений в состав конкурсной комиссии, утвержденный приказом Роскультуры от 23 июня 2006 г. № 278» был принят «в целях повышения эффективности работы конкурсной комиссии по размещению государственных заказов на выполнение научнопроектных и производственных работ в 2006 г., направленных на сохранение памятников истории и культуры религиозного назначения»; в результате в состав этой комиссии был включен и В. И. Петришин. До этого в марте 2006 г. вместе с заместителем начальника отдела по реставрации Министерства культуры Г. А. Сидельниковым, бывшим главой органа охраны памятников в Новгороде, о котором речь еще впереди, а также с генподрядчиком ЖСК объектов Псковской епархии Д. А. Ждановым он посещал Псковскую епархию, договариваясь о предстоящих реставрационных работах – на таких памятниках, как Снетогорский и Спасо-Елеазаровский монастыри, Свято-Благовещенская Никандрова пустынь, храм Воскресения со Стадища и др.
Во второй половине 2006 г. Счетная палата РФ провела проверку использования средств федерального бюджета по организации и проведению ФАККом конкурсов на право заключения государственных контрактов по Программе реставрации памятников истории и культуры – объектов религиозного назначения. В программе была задействована сумма в 1 миллиард 35 миллионов рублей, в ней участвовали 362 объекта культурного населедия, которыми пользовалась РПЦ. Непосредственный отбор заявок для Комитета Государственной Думы РФ по культуре проводила как раз Единая служба заказчика патриархии. В конкурсе победило ФГУ «Дирекция по строительству, реконструкции и реставрации», подведомственное Роскультуре. Однако 11 октября 2006 г. Служба заказчика отказалась от осуществления функций технического надзора за реставрацией, что противоречило ее прямым обязанностям.
В результате проверки Счетная палата установила, что реставрация проводилась в условиях отсутствия необходимых правовых документов – подзаконных актов, которые Министерство культуры должно было подготовить сразу после принятия Федерального закона об объектах культурного наследия в 2002 г., а также отметила, что рынок подрядчиков по выполнению реставрационных работ не сформирован в достаточной степени. Отсутствовали и нормативные расценки на реставрационные работы, и правила самой реставрации.
18 января 2007 г. под председательством Иосифа Кобзона в Госдуме состоялось расширенное заседание Комитета по культуре, на котором были отмечены нарушения, выявленные Счетной палатой. Особое внимание обсуждавших привлек тот факт, что Роскультура, заключая государственные контракты, не учитывала предусмотренные законодательством обязательства собственников и пользователей объектов РПЦ по их содержанию. Иными словами, работы финансировало только государство, тогда как религиозные организации, несмотря на существующие законы и соглашения, не принимали в реставрации финансового участия. Всего было заключено 25 государственных контрактов на выполнение работ на объектах, находящихся в пользовании РПЦ, – при условии проведения части реставрационных работ за счет пользователей, что так и не было выполнено. Расходы федерального бюджета по этим контрактам составили более 70 миллионов рублей. Присутствовавший на заседании протоиерей Александр Абрамов, исполняющий обязанности директора «Единой службы заказчика» патриархии, признал, что недостатки «имели место», в связи с чем патриарх Алексий (Ридигер) «предпринял ряд мер», в частности, с 1 января 2007 г. директор службы был уволен, а с ним был вынужден уйти целый ряд ближайших сотрудников. Новый руководитель выразил надежду, что в будущем проблем с проведением конкурсов со стороны патриархии не будет.
После проведения новым патриархом Кириллом (Гундяевым) реформы аппарата патриархии Служба единого заказчика была включена в Финансово-хозяйственное управление.
Однако в 2009 г. В. И. Петришин снова занимался тем же самым, лишь поменяв должность: теперь он является начальником управления по объектам религиозного назначения ФГУП «ГИВЦ Роскультуры» и продолжает быть членом все той же «Единой комиссии по размещению государственных заказов» в рамках все той же Федеральной целевой программы «Культура России» на 2006–2011 гг.