Несмотря на установившееся в целом затишье в области возвращения памятников православной культуры религиозным организациям, в этот период произошло несколько достаточно острых конфликтов. На VII Рождественских образовательных чтениях 1999 г. вновь обсуждалась проблема возвращения Церкви культурных ценностей. В рамках этого мероприятия 27 января проходила конференция «Христианство и культура». Священник Борис Михайлов говорил о хранящихся в запасниках музеев 60 000 икон, среди которых есть и чудотворные образа. В условиях нехватки икон во вновь открывающихся храмах такая ситуация представлялась ему недопустимой, тем более что передаваемые Церкви иконы оказываются у нее в пользовании, а не в собственности. Досталось и бывшим коллегам по цеху: «Непонимание значения иконы как святыни есть культурная поврежденность деятелей культуры». Чуть позже, выступая 1 апреля 1999 г. на «Радио Свобода», директор Эрмитажа Михаил Пиотровский говорил о том, что церковные ценности, находящиеся в фондах музея, принадлежат государству на 99 %, поскольку искусство есть достояние народа, а не конфессии. Касаясь, в частности, вопроса передачи петербургской епархии серебряной раки св. князя Александра Невского, изготовленной в XVIII в., он говорил о возможности изготовления за государственный счет соответствующей копии и установки ее в Троицком соборе.
Новые проблемы возникли во Владимире. Требования Церкви, по мнению директора музея Алисы Аксеновой, поставили под угрозу целостность заповедника. Музей уже демонтировал в храмах экспозиции, не имеющие отношения к церковной культуре, в частности, Музей хрусталя в Троицкой церкви. Всего заповедник передал приходам 16 храмовых зданий. Была передана и часть фондов, в том числе 300 икон для богослужебных целей. Для музея ситуация осложнялась тем, что во Владимирской области, кроме патриархии, действовала Российская Православная автономная церковь. С каждой из двух ветвей Российского Православия нужно было найти свою линию взаимоотношений. Однако общины, по мнению директора, пока не пришли к пониманию того, что памятники надо уметь хранить. Так, имела место попытка несанкционированно возвести алтарную преграду в храме Покрова на Нерли (XII в.). В Покровский монастырь был передан иконостас XVII в., и, несмотря на просьбы музея позволить продолжить наблюдение за его состоянием, монахини не допускали профессионалов к осмотру [240]
.Особое внимание привлек вопрос о реструктуризации Сергиево-Посадского музея-заповедника и вывода его с территории Троицкой лавры. События, ожидаемые со времени президентского распоряжения в октябре 1992 г., стали активно развиваться с лета 1997 г. Основным решением проблемы стала идея создания Музея православной культуры на основе части коллекций заповедника. В феврале 1998 г. президиум Российского комитета Международного совета музеев обратился к Президенту с протестом против планов расчленения российской культуры на светскую и церковную [241]
. 23 августа 1998 г., выступая на праздновании 600-летия Саввино-Сторожевского монастыря, патриарх Алексий (Ридигер) утверждал, что в России «нет двух культур, у нас единая культура неразделимая – духовная и светская» [242]. Именно в это время, в качестве акции, рассчитанной на общественный резонанс, были внесены изменения в структуру епархиального совета Москвы. В июне 1998 г. здесь была создана Искусствоведческая и архитектурная комиссия во главе с протоиереем Владимиром Силовьевым. В ее задачи входили контроль над привлечением к реставрации и строительству храмов квалифицированных работников, знакомых с канонами церковной живописи, рецензия предлагаемых иконографических программ, а также выработка предложений относительно мест строительства новых храмов [243].