7 июня 2001 г. закон об охране культуры был принят Госдумой во втором чтении. Тема «религиозных» поправок привлекла всеобщее внимание. Представлявший фракцию «Единство» и интересы патриархии Александр Чуев предложил поставить на отдельное голосование поправки 134 (к статье 49.2: возможность нахождения памятников и ансамблей религиозного назначения, входящих в число особо ценных объектов культурного наследия, в собственности религиозных организаций), 143 (памятники религиозного назначения, в том числе входящие в состав историко-культурных заповедников, могут передаваться в собственность только религиозным организациям), 153 (к статье 52: религиозные организации осуществляют право пользования передаваемыми объектами культурного наследия религиозного назначения в соответствии со своими внутренними установлениями) и 179 (к статье 59.2: в случае, если объект культурного наследия религиозного назначения входит в состав историко-культурного заповедника и находится в собственности, пользовании или на ином законном основании у религиозных организаций, режим использования этих объектов устанавливается с учетом внутренних установлений религиозных организаций.
Во время полемики депутат утверждал, что запрет на передачу патриархии в собственность особо ценных объектов блокирует возврат церковной собственности вообще и препятствует сохранению этих памятников, поскольку религиозные организации справляются с этой задачей значительно лучше государственных учреждений. Е. Драпеко парировала эти замечания существующей статистикой: из 5000 объектов, которые могут быть переданы церкви, планируется временно изъять только 250, причем лишь 168 из них – это особо ценные памятники. Нонсенсом было признано и то, что местной общине – «двадцатке» передавались бы памятники всемирного значения. В ее выступлении отмечалось, что патриархия не готова принять особо ценные памятники как по уровню своего отношения к культуре, так и в связи с отсутствием научно-реставрационной базы. По поводу «внутренних установлений» было справедливо отмечено, что это внутреннее дело конфессии, и они признаются государством в той мере, в которой не противоречат законодательству. Это делает излишним их упоминание в законе. А. Чуев пытался возразить, что особо ценные памятники могут быть переданы централизованным религиозным организациям и что упоминание внутренних установлений есть всего лишь следствие уважения государства к конфессии, но в результате поправки были провалены большинством голосов.
Пресловутые «внутренние установления» религиозной организации, которые в жизни Русской Церкви зачастую сводятся к известной формуле «аще настоятель изволит, такожде и творим» или «архиерей всегда прав», впервые появились в федеральном Законе «О свободе совести и о религиозных объединениях» 9 сентября 1997 г. Статья 15 гарантировала, что религиозные организации действуют в соответствии со своими внутренними установлениями, если они не противоречат законодательству Российской Федерации. Внутренние установления упоминаются в Трудовом кодексе Российской Федерации (декабрь 2001 г.), в частности в главе 5 «Особенности регулирования труда работников религиозных организаций». Так, их соблюдение предполагалось при заключении трудового договора (статья 343), установлении режима рабочего времени (статья 345) и определении материальной ответственности работника (статья 346), но лишь в том случае, если они не противоречат Конституции, настоящему кодексу и иным федеральным законам. Вообще же «внутренние установления» в жизни церкви оказываются настолько расплывчатым и неопределенным явлением, что само их четкое и однозначное определение в рамках существующего канонического права оказывается не всегда возможным.
5 июля проект федерального Закона «Об объектах культурного наследия (памятниках истории и культуры) народов Российской Федерации» № 99109360-229 был принят в третьем чтении, однако уже 20 июля Совет Федерации наложил на него свое вето. Лидеры столичных субъектов посчитали, что отсутствие в Законе четкого разграничения собственности на памятники между субъектами и федерацией существенно нарушает их права. В результате демаршей региональной элиты была создана депутатская согласительная комиссии для преодоления разногласий по указанному Закону. Закон будет принят летом 2002 г.