Уже 6 июля в Думе прошли парламентские слушания на тему «Проблема законодательного обеспечения государственно-церковных отношений в свете социальной концепции Русской Православной церкви». Правительству было рекомендовано совершенствовать порядок передачи религиозных памятников культуры патриархии. Однако правительство, судя по всему, исполнило рекомендацию ранее, чем она появилась на свет. 30 июня 2001 г. Председатель Правительства Михаил Касьянов подписал постановление № 490 «О порядке передачи религиозным организациям находящегося в федеральной собственности имущества религиозного назначения». Оно касалось не только религиозных зданий, но и недвижимого имущества, исторически связанного с культовыми организациями, окружающих их земельных участков, а также находящихся в музеях икон и реликвий. Впоследствии постановление неоднократно редактировалось: 3 октября 2002 г. (№ 731), 8 августа 2003 г. (№ 475), 1 февраля 2005 г. (№ 49). Основной формой передачи было бессрочное и безвозмездное пользование. Бессрочность не предполагала вечности, а была рассчитана на добрую волю собственника-государства.
Согласно постановлению, передача имущества в собственность могла осуществляться при условии обеспечения его сохранности и использования в уставных целях. Передача памятников культуры осуществлялась Минимуществом по согласованию с Минкультуры. Основанием для рассмотрения вопроса было письменное обращение религиозной организации, дополненное копией устава и свидетельства о госрегистрации, согласием третьих лиц в случае наличия ограничений, документами о конфессиональной принадлежности имущества и справкой госоргана охраны памятников. В случае принадлежности имущества к объектам культурного наследия список расширялся за счет заключения госоргана охраны памятников о возможности передачи, копии паспорта памятника или исторической справки, акта о техническом состоянии памятника и проекта охранного договора или обязательства. Музейные предметы и коллекции могли передаваться религиозным организациям в пользование или совместное использование на основании договора, условия которого определялись по согласованию с патриархией или епархией, а сам договор утверждался в Минкульте. Указанные предметы могли быть переданы религиозной организации в безвозмездное пользование на определенный срок или на период существования самой организации. В этом случае предоставлялись дополнительные документы: справка органа внутренних дел о состоянии охраны объекта, пожарной и охранной сигнализации и письмо учреждений культуры, за которыми было закреплено указанное имущество, с упоминанием характера его использования и согласием (несогласием) с передачей его церкви. Минимущества должно было принять решение о передаче или отказать в ней в двухмесячный срок. Впоследствии такое решение принималось распоряжением Правительства, подготавливаемым федеральным агентством. 9 ноября 2001 г. распоряжением № 3236-р Минимущества делегировало своим территориальным органам полномочия по передаче религиозным организациям имущества, находящегося в федеральной собственности. Тогда же были утверждены методические рекомендации, определяющие порядок рассмотрения этими органами текущих дел.
Противники идеи передачи патриархии памятников культуры усмотрели в этом распоряжении реванш «церковников» за принятие в новом чтении закона об объектах культурного наследия, в который не были включены патриархийные поправки. По их мнению, документ не только покушался на целостность музейных собраний, гарантированную законом 1996 г., но и неоправданно расширял перечень имущества религиозного назначения, включая сюда не только здания, предназначенные для богослужений, но и «иные культовые комплексы», построенные для обеспечения религиозных обрядов и церемоний.