В апреле 2004 г. Министерство культуры Свердловской области заявило протест против строительства Екатеринбургской епархией гостиницы на территории двух памятников историко-культурного наследия («Дом жилой» и «Станция вольных почт»), которое началось еще в сентябре 2003 г. Проект не был согласован с органами охраны памятников, и возникла угроза обрушения исторических зданий, так как вырытый котлован вплотную подходил к их фундаментам. Одной из новых болевых точек во взаимоотношениях церкви и культуры стал Псков. Еще 2 ноября 2003 г. в Пскове археологами был обнаружен нижний ярус трапезной палаты XVI в., принадлежавший подворью Снетогорского монастыря, он тут же был пробит трубой строящегося магистрального водопровода. Депутат Госдумы Сергей Митрохин еще тогда же потребовал от генерального прокурора Владимира Устинова возбудить уголовное дело по факту разрушения памятника. 30 марта 2004 г. в Москве в конференц-зале ВООПИК состоялся круглый стол «Древний Псков сегодня. Проблемы экологии, сохранения историко-культурного наследия и современной застройки»[265]
. Выездное заседание президиума Общества, состоявшееся в Пскове 19 мая, отметило факты грубого нарушения Закона «Об объектах культурного наследия» со стороны государственных и религиозных организаций и частных лиц. Предмет особой тревоги вызвало состояние иконостаса Троицкого собора. Проект теплофикации храма не рецензировался на федеральном уровне, рекомендации Е. Скрынниковой, ведущего специалиста ЦНРПМ, не были учтены, в результате резко — с 75 до 35 % — снизилась влажность в помещении, что привело к разрушению икон и угрожало сохранности интерьера собора. Согласно сделанным рекомендациям, иконостас XVII—XVIII вв. должен был быть демонтирован, отреставрирован еще до включения отопления и возвращен на место лишь при установлении в храме оптимальной температуры. К тому же, исторический хорос собора, соответствующий интерьеру, был заменен похожим на «консервную банку» софринским современным изделием, которое закрыло иконостас. В результате епархии было рекомендовано провести неотложные работы по сохранению интерьера Троицкого собора, а органам охраны осуществлять постоянный мониторинг состояния икон. По сообщению некоторых участников совещания, шелушение и опадание красок, вызванное изменением температуры, было видно невооруженным глазом.На этом фоне особого внимания заслуживали отзывы некоторых представителей местного духовенства о судьбе и использовании икон. Протоиерей Владимир Попов, настоятель церкви свт. Николая в Любятове, говорил, что сам он по возможности старался воздерживаться от требования забрать иконы из музеев, потому что Церковь не всегда имеет возможность их сохранять, и нельзя огульно обвинять музеи в том, что они являются «местами заключения» икон. Иерей Андрей Давыдов, настоятель церкви Рождества Иоанна Предтечи, признавал, что священнослужители не всегда могут понять ценность того, чем владеют. Новооткрытую экспозицию икон в Новгородском музее он назвал лучшей в мире: «Если надо объяснить кому-то, что такое православие, я бы в первую очередь посоветовал посетить музейную экспозицию икон, постоять перед каждой иконой, посмотреть, вдуматься».
В декабре 2004 г. Алексей Комеч в интервью изданию «НГ-Религии» заметил: «В целом с большими искажениями по России восстановлено около 10 000 храмов. Мы знаем о большинстве этих случаев, об искажениях, нарушениях и т. д. Сожалеем, что у нас такая Церковь, но если бы этого не было, памятники бы вообще погибли... Я сейчас согласен на любые искажения, лишь бы сохранить то, что осталось. Поэтому мы не должны стоять на пути общин, готовых взять на себя ответственность за храм, монастырь или часовню». Однако эти факты никак не повлияли на процесс передачи памятников Церкви и качество их последующей реставрации в 2000-х гг.
После возвращения в 2004 г. Толгской и Тихвинской икон в их обители достаточно широко распространилась практика выдачи святынь из музейных собраний на храмовые праздники. Так, в Кирове 21 октября 2005 г., в день памяти прп. Трифона Вятского, в Успенский собор был доставлен келейный крест святого, который хранился в Кировском областном художественном музее имени В. М. и A. M. Васнецовых. 3 июня 2005 г., в день празднования Владимирской иконе Божией Матери, Нижегородский краеведческий музей выдал на один день в восстанавливаемый Оранский Богородицкий мужской монастырь для праздничного богослужения чудотворный Оранский список Владимирской иконы Божией Матери.