Велико историческое значение Собора 1551 г., созванного при св. митрополите Макарии и Иване Грозном. Предметы соборных рассуждений были намечены в 69 вопросах, предложенных царем. Собор издал Уложение, разделенное по аналогии с «Судебником Ивана Грозного» на 100 глав. Отсюда и его название — «Стоглав», которое перенесено было и на сам Собор. В Уложении затронуты главные стороны церковной жизни; в нем были собраны и систематизированы все нормы действующего права Русской Церкви. Исходным материалом послужили «Кормчая», «Устав» св. Владимира, постановления Собора 1503 г., послания митрополитов. Постановления Стоглава касаются архиерейских пошлин, церковного суда, дисциплины духовенства, монахов и мирян, богослужения, монастырских вотчин, народного образования и призрения нищих. Собор предложил епископам и городскому духовенству устраивать школы для подготовки ставленников; мирянам предоставлялась возможность выбирать кандидатов священства. Надзор за благочинием Собор возложил на поповских старост и десятильников, а надзор над ними самими — на соборных священников, архимандритов, игуменов и протопопов.
Стоглав отменил «несудимые» грамоты, тем самым сделав все монастыри и приходские причты подсудными своим епископам. Светским судам он запретил судить духовных лиц. В соборных постановлениях осуждались распространенные в народном быту бесчинства и пережитки язычества; судебные поединки, скоморошеские представления, азартные игры, пьянство.
Многие постановления Стоглава касаются богослужения. Некоторые из них (о двуперстии, о сугубой аллилуии) стали впоследствии знаменем для старообрядцев. Эти постановления были отменены Большим Московским Собором 1667 г., который объяснил факт их принятия «простотою и невежеством» Отцов Стоглава.
Вопреки постановлению Собора 1503 г., Стоглав разрешил взимание ставленнических пошлин, но установил для них, равно как и для треб, твердую таксу. При этом было решено, что все эти дани должны собирать не архиерейские чиновники, а поповские старосты и десятильники.
Собор 1572 г. издал грамоту о четвертом браке Ивана Грозного. В виде исключения этот брак не расторгли, но на царя наложили епитимию. На основании «Томоса единения» Собор подтвердил недопустимость четвертого брака, подлежащего непременному расторжению.
Постановлением Собора 1580 г. архиерейским домам и монастырям запрещалось приобретать новые земельные владения. Исключение было сделано лишь для бедных монастырей, но и они могли получать новые вотчины только через царские пожалования.
Источники русского церковного права эпохи Патриаршества
После учреждения Патриаршества в Москве в 1589 г. Поместный Собор 1590 г. издал деяние с грамотой Константинопольского Патриарха Иеремии II об избрании Патриархом Иова и о Патриаршем титуле его преемников. Это деяние помещено в начале печатной «Кормчей».
В XVII веке Соборы продолжали оставаться высшей церковной инстанцией. Собор 1621 г. при Патриархе Филарете вынес постановление о перекрещивании католиков, лютеран и реформатов, присоединяемых к Православной Церкви. Это постановление в отношении католиков отменено Собором 1656 г., а Собором 1667 г. отменено полностью.
Собор 1666 г. созванный для суда над расколоучителями, издал «Наставления благочиния церковного» как руководство для приходских священников.
Собор 1667 г. при царе Алексее Михайловиче вошел в историю под названием Большого Московского. В его деяниях участвовали Восточные Патриархи: Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Собор был созван для суда над Патриархом Никоном.
Помимо приговора по делу Патриарха, Собор отменил постановления Стоглава, благоприятные старообрядчеству, а также постановление Филаретовского Собора о перекрещивании западных христиан и запрет священнослужения вдовым священникам и диаконам. Отцы Большого Московского Собора воспретили рукополагать невежд. Священникам Собор повелел обучать своих детей грамоте.
Вступивших во второй брак священнослужителей Собор постановил лишить сана, но дозволять им петь на клиросе или вступать на государеву службу, кроме военной. Мирянам вновь было воспрещено судить клириков за церковные преступления. Повторены были на Соборе прежние постановления о наказании еретиков не только церковными, но и «градскими» казнями. Собор запретил постригать одного из супругов без согласия другого, а также требовать от постригающихся вкладов в монастырь. Запрещено было посвящать за Литургией более одного епископа, священника и диакона, самовольно открывать мощи без предварительного дознания и соборного постановления.
Архимандритам Собор благословил носить митру, если богослужение не возглавляет епископ. По постановлению Собора 1667 г., митрополиты стали носить белые клобуки, а диаконы и священники — скуфью.