В ставропигиальных монастырях возносили имя не местного епископа, а Патриарха. Патриарху, который управляет такими монастырями через своих наместников, принадлежит право надзора за управлением и жизнью монастыря, право вершить суд по делам братии. Как отмечал епископ Никодим, «ставропигиальным правом мог пользоваться всякий Патриарх во всех епархиях своей области, а Константинопольский Патриарх и вне своей области по всему Востоку»[215]
. В России в синодальную эпоху ставропигиальными называли монастыри, находившиеся в непосредственном ведении Синода, а не местных епархиальных архиереев. В XIX веке 7 обителей в России числились ставропигиальными: Ново-Спасский, Симонов, Донской и Заиконоспасский монастыри в Москве, Ново-Иерусалимский в Московской епархии, Спасо-Яковлевекий в Ростове Великом и Соловецкий на Севере. Внутреннее управление в монастырях возглавляет настоятель, во всем подчиненный епархиальному епископу. Первоначально настоятеля обители именовали «авва» , «отец». Впоследствии настоятелей больших и особо важных монастырей именовали «архимандрит» (от — начальник пещеры); настоятелей остальных монастырей — «игумен» («»). Настоятельницы женских монастырей именуются игумениями; на Востоке сохранялось также наименование .Права архимандритов и игуменов одинаковы.
Согласно Уставу Василия Великого и 123 новелле (34 гл). Юстиниана, вошедшей в «Номоканон», братия избирает настоятеля из своей среды, но если среди братии нет лица подходящего, то его поставляет епархиальный епископ. Однако и кандидатуру настоятеля, избранного братией, утверждает епархиальный епископ или Патриарх (в ставропигиальных обителях). В России в синодальную эпоху принят был такой порядок: настоятели общежительных монастырей избирались братией и утверждались Священным Синодом по представлению епархиального архиерея, а настоятели монастырей необщежительных, так называемых штатных, непосредственно назначались епархиальным архиереем или Синодом (в ставропигиальных монастырях).
Настоятель избирается не по летам, а по способностям и заслугам. Главной заботой настоятеля является попечение о духовном преуспеянии братии и об имуществе, находящемся в распоряжении или собственности монастыря.
Как гласит 3 канон Двукратного Собора: «Аще который настоятель монастыря, подчиненных себе монахов отбегающих, не взыщет с великим тщанием, или нашедши не восприимет, и не потрудится приличным и недугу соответствующим врачевством возстановити и укрепити падшаго, такового святый Собор определил подвергати отлучению от Таинств. Ибо аще имеющий в смотрении безсловесныя животныя, вознерадит о стаде, не оставляется без наказания, то приявший пастырское начальство над паствою Христовою, и своим нерадением и леностию расточающий спасение их, како не подвергнется наказанию за свою дерзость. Призываемый же возвратитися монах, аще не повинется, да будет отлучен епископом».
В обязанности настоятеля входит наблюдение за строгим исполнением братией монашеских обетов и правил, попечение о регулярном и благочинном совершении богослужений, надзор за монастырским хозяйством. Не злоупотребляя властью, настоятель должен поучать братию примером своей жизни и своим пастырским словом. Настоятелю следует посещать кельи монахов и смотреть, живет ли братия по уставу, следить, чтобы никто из братии не выходил из обители без его ведома. Но ничего важного, касающегося жизни в монастыре, настоятель не должен предпринимать без совещания с братией. В надлежащее время настоятель монастыря представляет отчет епархиальному архиерею или Патриарху о поведении монахов, монастырской жизни и монастырском хозяйстве. С обязанностями настоятеля связаны и его особые права. Вся монастырская братия должна повиноваться ему и почитать его как отца. Никто не смеет прекословить ему. Для исправления нерадивых и провинившихся монахов и послушников настоятель может налагать на них наказания. Во всем настоятелю принадлежит первенство в монастыре.
Под его началом и в зависимости от него в монастырях назначаются должностные лица, отвечающие за те или иные стороны жизни монастыря: наместник, управляющий монастырем по благословению настоятеля и в пределах, указанных самим настоятелем; духовник, на которого возлагается духовное окормление братии, обязанность исповедовать монахов; эконом, помогающий вастоятелю и наместнику в заведовании монастырским хозяйством. Все эти лица во главе с настоятелем образуют духовный собор, который обсуждает и решает важнейшие монастырские дела.
Церковная служба в монастырских храмах совершается по очереди иеромонахами и иеродиаконами монастыря. Во главе всех монастырей епархии могут стоять монастырские благочинные, действующие под началом епархиального архиерея.