Став великим князем, Василий не забыл той моральной поддержки, которую оказывал ему Иосиф в период борьбы за власть. В 1509 г. Иосиф обратился к Василию III с просьбой защитить его монастырь от произвола со стороны удельного князя Федора Борисовича Волоцкого. Великий князь откликнулся на просьбу игумена и взял обитель «под свою руку». Этот казалось бы мелкий эпизод вызвал целую бурю возмущения в среде духовенства. Иосиф грубо нарушил иерархическую дисциплину, обратившись к Василию «через голову» своего непосредственного начальника — новгородского архиепископа Серапиона. Непреклонный ревнитель порядка и «благочиния» оказался в роли самоуправца. Ненависть, которую вызывал инквизитор, выплеснулась наружу. Серапион отлучил Иосифа от церкви, но за это сам был вскоре смещен с кафедры по приказу Василия III Благодаря вмешательству «Державного», волоцкий игумен сохранил свое положение. Однако его авторитет в глазах не только духовенства, но и московского боярства упал до крайней черты. Сам Василий III, уставший от жалоб и домогательств Иосифа, предпочитал проводить время в беседах с людьми иного склада — московскими философами и вольнодумцами, самым ярким из которых был князь-инок Вассиан Патрикеев.
Видя, как падает его влияние при дворе, как рушатся честолюбивые планы, Иосиф решает несколько изменить свою позицию. Ради того, чтобы вернуть расположение «державного», он отказывается от утверждения о превосходстве духовной власти над светской и развивает идею о божественном происхождении самодержавной власти, которая, однако, должна действовать в тесном союзе с церковными верхами, строго блюсти их интересы. Свои новые идеи он формулирует в 1510—1511 гг. в посланиях к Василию III, а также в своем главном литературном труде — «Просветителе». «Царь убо естеством подобен есть всем человеком, а властию же подобен есть вышняму богу», — писал Иосиф
[89]. Такие высказывания авторитетного церковного деятеля были как нельзя более кстати для московских великих князей, которые, заглядывая в будущее, уже примеривали царский титул к себе и своим наследникам. Этим титулом они именовали себя в дипломатической переписке с некоторыми соседними странами.«Смена вех» не помогла Иосифу возвратить утраченное влияние при дворе. Современники слишком хорошо знали его подлинные убеждения и намерения. Российский инквизитор умер в опале, в удалении от двора 9 сентября 1515 г. Его тело было предано земле у стен собора основанной им обители.
Разработанное Иосифом учение о самодержце как «земном боге» стало приносить плоды уже после смерти его создателя. Оно стало теоретической основой сотрудничества между высшими церковными иерархами и московскими государями. Своей теорией Иосиф подтолкнул церковь на путь сращивания с государственным аппаратом российского самодержавия — путь, который в конечном итоге привел ее к глубокому кризису.
Деятельность волоцкого игумена, его политическая позиция, при жизни и после смерти Иосифа вызывали самые противоположные оценки. Монахи Волоцкого монастыря и близкие к Иосифу иерархи пытались добиться причисления его к «лику святых». Однако приверженцы старых традиций в отношениях между великокняжеской властью и церковью, а также все, склонные к вольнодумству и свободомыслию, ненавидели и презирали Иосифа. Со временем споры утихли. Иосиф был прославлен церковью, удостоен звания «преподобного», как именовали прославившихся своей святостью монахов. Однако в конце XIX — начале XX в. историки и публицисты либерально-буржуазного направления стали часто поминать Иосифа недобрым словом, справедливо полагая, что именно он положил начало превращению русской православной церкви в своего рода «духовную полицию» на службе у российского самодержавия. В их оценке волоцкий игумен выглядел вольным или невольным виновником падения престижа церкви среди народных масс.
«Развивая теорию государственного покровительства церкви, Иосиф Волоцкий и его последователи едва ли думали, что теория эта приведет в конце концов к полному уничтожению светских привилегий церкви и к введению ее в рамки государственных учреждений», — писал П. Н. Милюков
[90]. Еще резче выразился известный русский философ-идеалист Н. А. Бердяев. «Я никогда не чувствовал никакой близости к этому типу московского бытового православия с государственной церковью, с обрядоверием, с «благочестивым» Иваном Грозным, с Домостроем, с враждой к мысли и знанию, с душностью и полным отсутствием свободы, простора и дали. Этот мир в истоках своих связан с жестокой и по-моему роковой фигурой Иосифа Волоцкого» [91].