Только тогда, отбросив сомнения и недоумения, по мелькавшим во мраке миноносцам открыли огонь те корабли, которые не были заслонены другими: "Победа", "Аскольд", "Диана", "Ангара". Только на "Петропавловске", как и полагается флагману, проворонившему свою эскадру, продолжали не верить в произошедшее. На нем даже пытались установленным сигналом, — поднятым вверх лучом прожектора, — остановить стрельбу. Его же в полночь продублировали цифровым сигналом клотиковыми лампочками ("6142"). Радио — великое русское изобретение — и на этот раз применить не нашли возможным.
Лишь спустя час после атаки с "Петропавловска" последовал сигнал: "Открыть огонь", а через 10 мин. отдали приказание "Новику" (это было в 0 час. 55 мин. уже 27 января) "Преследовать вражеские миноносцы". За ним, подняв пары, в охрану эскадры вышел крейсер "Аскольд". Но противника они уже не увидели.
За это время огонь по миноносцам на рейде приходилось открывать еще несколько раз. Считается, что в нападении участвовало 10 больших миноносцев, которые в промежуток времени от 23 час. 33 мин. (то есть нападение, строго говоря, произошло не 27, а еще 26 января 1904 г.) до 0 час. 50 мин. выпустили 16 торпед. Эту цифру в своем официальном описании войны называют японцы, но, возможно, что и здесь в сравнении с действительностью сделаны "поправки", чтобы не выдавать в истории очень уж низкую результативности атаки. Об этом говорил и сделанный "Цесаревичем" сигнал: "Плавает много мин не взорванных".
Отражать атаку мешали и руководящие запросы и приказания из штаба наместника, где не забыли, в частности, поинтересоваться, подведен ли на "Цесаревиче" пластырь под пробоину. Пришлось отвечать что не подведен, так как пробоина оказалась "под кронштейном у левого винта". Бездарно проспавший нападение наместник спешил "включиться" в процесс руководства подставленного им под расстрел флота. Так миноносцам было приказано развести пары, а у "Цесаревича" спрашивали, почему они с "Ретвизаном" застопорили ход. Интересовались, "где находится начальник эскадры" и "предполагается ли послать крейсера в разведку", куда ушел "Боярин" и т. д.
Апофеозом этой полезной начальственной любознательности стало уже под утро — в 8 час. 35 мин. — приглашение начальнику эскадры (несмотря на уже начавшуюся съемку с якоря для похода) прибыть к наместнику для доклада об обстоятельствах нападения. Но тут, правда, последовало разрешение "действовать по усмотрению" (догадались, что где-то поблизости может находиться "более сильная японская эскадра"). Но в 9 час. 58 мин. после возвращения вышедшей в море эскадры, приглашение явиться для доклада к наместнику было повторено. И "флотоводец" Старк, не дождавшись возвращения "Боярина" из разведки, без раздумий покидает эскадру в 10 час. 35 мин., через рейд усеянный всплывшими японскими торпедами, спешит в порт и далее во дворец наместника.
Но судьба и тут хранила русских. Японская эскадра, преследуя "Боярина", словно выжидала, позволяя начальнику уже под огнем успеть (в 11 час. 20 мин.) вернуться на свой флагманский корабль. Снимаясь с якорей и отвечая на огонь, эскадра двинулась навстречу противнику. Но Того вместо обещанного своему флоту решительного сражения поспешил (уже в 11 час. 45 мин.) отступить. Слишком недостаточными, видимо, показались ему результаты ночной атаки миноносцев. Да и "Ниссин" с "Касугой" не были готовы для боя. А русские, несмотря на близость своей базы и поддержку береговых батарей (такое уже никогда не повторилось), позволили ему уйти. Шанс проучить японцев был упущен.
Для "Цесаревича" оба боя — ночью и утром — соединились в одну, внушавшую большие опасения за успех, борьбу за живучесть корабля. Хваленная и столь излюбленная генерал-адмиралом французская техника не обнаружила явных преимуществ ни перед американскими ("Ретвизан"), ни перед отечественными ("Паллада") образцами. Новейший броненосец — последнее на эскадре чудо техники, оказался едва ли не в более бедственном положении чем более старый и притом легкий русский крейсер "Паллада".
В мгновение взрыва накренившись вправо (так опять дала о себе знать валкость кораблей этого типа) "Цесаревич" затем начал угрожающе валиться на левый борт. Несмотря на немедленное распоряжение командира затопить водой правые кормовые коридоры, крен неудержимо нарастал. Он дошел до 16° и продолжал увеличиваться.