Цезарь несколько дней спустя прибыл в Александрию, где с болью и гневом принял от Птолемея странный подарок. Тогда же он получил еще один подарок, завернутый в ковер: это была царица собственной персоной, которая придумала этот авантюрный способ приблизиться к Цезарю, избежал шпионов своего брата и стражи римлянина. Это был выигрышный ход для Клеопатры, потому что Цезарь поддержал ее в конфликте с ее супругом. Но, подстрекаемое агентами царя, население Александрии восстало и окружило царский дворец. До марта 47 года до н. э. бушевала эта война в Александрии и закончилась, когда из Сирии прибыли резервные войска, чтобы освободить Цезаря. Птолемей XIII погиб при этом, Клеопатра тут же вышла замуж за своего второго брата — Птолемея XIV. Волнения в Александрии привели к невосполнимой для античной культуры потере — сгорела знаменитая Библиотека, единственное хранилище произведений греческой литературы и науки. Спасшись от мятежа, Цезарь и Клеопатра вместе отправились в Верхний Египет по Нилу, благодаря чему римлянин, как когда-то Сципион Эмилиан, увидел собственными глазами просторы страны и ее богатства. По возвращении Клеопатра и ее новый муж Птолемей XIV были утверждены в своем царском достоинстве, и Цезарь, прежде чем покинугь Египет, разместил там оккупационный корпус из нескольких легионов: под предлогом защиты лагидской монархии он, таким образом, укреплялся в Египте как в собственном владении. Вскоре после его отбытия Клеопатра родила сына Птолемея Цезаря, прозванного Цезарионом, который был признан своим отцом в Риме перед сенатом. Этот ребенок должен был позволить царице чувствовать при живом Цезаре тесную связь с диктатором.
Этот последний прибыл в Малую Азию, где Фарнак, вероломный сын Митридата, оставив свое Боспорское царство, пытался восстановить отцовские владения, отвоевав Понт. В июне 47 года до н. э. по спешно прибывший Цезарь одним-едннственным сражением разбил все надежды мятежного принца: именно после этой битвы он произнес знаменитую фразу: «Veni, vidi, vici». Вернувшись в Рим в октябре, он был встречен там Клеопатрой, которая жила на одной из его вилл до самой смерти диктатора. Там она держала целый двор, которым восторгались все, кто боялся и льстил Цезарю,